psRobot的打分规则是, 严格匹配区的错配、缺失的惩罚分数为1，G:U惩罚为0.5，非严格匹配区的惩罚分数减半;从5‘端第二个碱基到第八个碱基是严格匹配区，从17到31是严格匹配区;最多允许有 1个gap,必须在17个碱基之后，根据打分，选取得分小于2.5的

miranda算法基于序列比对和能量模型，通过计算miRNA序列与mRNA序列之间的互补性和稳定性来预测结合位点。它考虑了RNA和RBP序列之间的碱基配对、序列间隔和序列结构等因素。既有序列匹配>打分又计算自由能，使用strict模式,取得分大于140，小于-10的自由能的结果

RNAhybrid是一种基于分析miRNA和靶基因间形成双链的二级结构，从而预测miRNA靶基因的软件。RNAhybrid在实质上是一种经典RNA二级结构预测软件的扩展，能够快速、准确地计算一条短链RNA和>一条长链RNA杂交（如miRNA和mRNA 3’UTR）时的自由能，并基于此来预测果蝇中miRNA的靶基因。RNAhybrid的算法禁止分子内、miRNA 分子间及靶基因间形成二聚体，根据miRNA和靶基因之间结合>自由能探测最佳的靶位点。使用3utr_human模型，小于-10的自由能，pvalue小于0.05的结果 动物和植物预测软件相差结果较大，主要是序列特征有所不同。植物的sRNA靶基因通常具有与sRNA互补的配对位点，这种互补性可以通过通过碱基配对来实现。而在动物中，sRNA靶基因的预测更依>赖于靶基因的保守性和结构特征，例如靶基因的3'非翻译区（3' UTR）可能含有特定的结构元素，同时动物的预测软件均有考虑结合的自由能。