单样本可变剪切

rMATs4.1 可以对单样本进行可变剪切分析

更改部分

去除参数 –b2（比较组合中另一个样本） 及 –cstat 0.05(剪切差异cutoff,用于差异剪接的零假设检验的截止值。默认值0.0001,表示0.01%的差异。valid: 0 ⇐ cutoff < 1,不适用于配对统计模型—） 增加参数 –statoff: 跳过统计分析

脚本

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/AS/only_as.sh

脚本使用

RNASeq-MATS.py --gtf genome.gtf --b1 sample1.bam -t paired --libType fr-unstranded --readLength 150 --od out_dir --tmp out_dir/tmp --statoff