qiime2流程中,只计算了chao1,dominance,goods_coverage,observed_otus,pielou_e,shannon,simpson这几个alpha多样性指数。
而实际上还有其他多种指数可以通过qiime2内置命令计算获得,以及其差异箱型图。
qiime2多种alpha多样性指数计算及差异箱型图。
1. 多样性指数qza文件的生成:
source /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_MICRO/share/16S_pipeline/conda/bin/activate env_qiime2-2020.6 qiime diversity alpha \ --i-table asv_table_even.qza \ --p-metric doubles \ --o-alpha-diversity doubles.qza qiime diversity alpha \ --i-table asv_table_even.qza \ --p-metric fisher_alpha \ --o-alpha-diversity fisher_alpha.qza qiime diversity alpha \ --i-table asv_table_even.qza \ --p-metric gini_index \ --o-alpha-diversity gini_index.qza qiime diversity alpha \ --i-table asv_table_even.qza \ --p-metric brillouin_d \ --o-alpha-diversity brillouin_d.qza
通过更改–p-metrics参数,更改要分析的多样性指数。
示例脚本:
sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2/gxh-alpha/alpha1.sh
此处增加了doubles,fisher_alpha,gini_index,brillouin_d四种多样性指数。
2. 多样性指数qzv文件的生成:
source /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_MICRO/share/16S_pipeline/conda/bin/activate env_qiime2-2020.6 qiime diversity alpha-group-significance \ --i-alpha-diversity doubles.qza \ --m-metadata-file metadata.tsv \ --o-visualization doubles.qzv rm -rf doubles_qzv && qiime tools export \ --input-path doubles.qzv \ --output-path doubles_qzv qiime diversity alpha-group-significance \ --i-alpha-diversity fisher_alpha.qza \ --m-metadata-file metadata.tsv \ --o-visualization fisher_alpha.qzv rm -rf fisher_alpha_qzv && qiime tools export \ --input-path fisher_alpha.qzv \ --output-path fisher_alpha_qzv qiime diversity alpha-group-significance \ --i-alpha-diversity gini_index.qza \ --m-metadata-file metadata.tsv \ --o-visualization gini_index.qzv rm -rf gini_index_qza && qiime tools export \ --input-path gini_index.qzv \ --output-path gini_index_qzv qiime diversity alpha-group-significance \ --i-alpha-diversity brillouin_d.qza \ --m-metadata-file metadata.tsv \ --o-visualization brillouin_d.qzv rm -rf brillouin_d_qza && qiime tools export \ --input-path brillouin_d.qzv \ --output-path brillouin_d_qzv
示例脚本:
sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2/gxh-alpha/alpha2.sh