对样本进行tsne、umap、pca、pcoa、nmds、plsda、oplsda分析

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/jiaoben/zuotu/tsne_umap_pca_pcoa_nmds_plsda_oplsda_plot -h

usage: /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/jiaoben/zuotu/tsne_umap_pca_pcoa_nmds_plsda_oplsda_plot [--] [--help] [--add] [--opts OPTS] [--fpkm FPKM] [--condition CONDITION] [--prefix PREFIX] [--type TYPE] 
flags:
  -h, --help			show this help message and exit
  -a, --add			add confidence interval

optional arguments:
  -x, --opts OPTS			RDS file containing argument values
  -f, --fpkm FPKM			the fpkm file
  -c, --condition CONDITION			the condition file
  -p, --prefix PREFIX			the prefix of outfile
  -t, --type TYPE			one of tsne umap pca pcoa nmds plsda or oplsda

使用不同的方法查看样本的重复情况,其中oplsda仅支持2组样本,其余方法支持多组样本。每组大于3样本支持加入置信区间,少于或者等于3个支持加圈。