引物定位及定量

已有引物定位的脚本,但在实际处理工单的时候,老师一般要求对引物定位到序列进行定量。

优化部分

1.整合引物定位及有参定量脚本

脚本

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/primer/work.py

脚本使用

python /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/primer/work.py \        
      --primer primer.xls \                                                                
      --fa genome.fa  \                                                                    
      --gtf genome.gtf \      
      --bam bam_dir \        
      --out out dir \        
      --sample sample1,sample2,sample3