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qiime2新流程剔除物种-基于现有结果

从cleandata开始分析,ASV的顺序会重新排列,导致结果发生改变,本脚本是基于特征表,代表序列和物种注释信息完成剔除物种

剔除物种思路

使用前操作

仍然需要配置project.txt,正常打印脚本,但是并不使用cleandata数据,仅仅是为了打印脚本

使用方法

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/script/qiime2-newpipline-delspecies/del-species20230424.py \
 --featuretable /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/1.cluster_or_denoise/raw_featureTable.txt \
 --repseq /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/1.cluster_or_denoise/raw_feature.fasta \
 --taxonomy /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/X101SC23030591-Z01-qiime2-newpipline/X101SC23030591-Z01-F001/deltest2/featureAnalysis/2_2.assignTaxonomy/seq_taxonomy_qza/raw_taxonomy.tsv \
 --deltax deltax.txt


#usage:
#
#正常打印脚本之后,运行该脚本
#
#--featuretable		输入特征表	绝对路径相对路径都可以
#--repseq		输入代表序列
#--taxonomy		输入物种注释信息

#--delasv delasv.txt	如果剔除的是ASV
#--deltax deltax.txt	如果是剔除的是物种

输出

如果输出3个done,证明脚本替换成功,正常投递任务即可