新流程拆分质控流程

Barcode数据拆分:

根据barcode拆分,Python脚本(我们自己公司的)

数据截取及过滤:

软件:cutadapt 版本:version 3.3 功能:去除barcode和引物,过滤碱基数量低于20的短序列

数据拼接:

软件:flash_v1.2.11 版本:v1.2.11 功能:双端数据拼接

数据质控:

软件:fastp 版本:version 0.23.1 功能:对拼接好的数据进一步质控 过滤质量值 19 the quality value that a base is qualified. Default 15 means phred quality >=Q15 is qualified. (int =15) 低质量ratio 15 how many percents of bases are allowed to be unqualified (0~100). Default 40 means 40% (int =40)

去除嵌合体

软件:vsearch 版本:v2.16.0_linux_x86_64 功能:与数据库比对,输出无嵌合体有效序列

与旧流程相比,仅修改了数据截取及过滤软件,使用cutadapt软件直接操作,其它软件不变,仅对版本进行了升级