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高级分析分析条目

普转_个性化分析手册-2022.06.pdf

序号 产品类型 售后条目 分析内容 分析周期（工作日） 评估须知 客户须知 维护人 备注
1 转录/lncRNA 差异基因转录因子结合位点预测 使用tfbstools对录因子结合位点进行预测 7
2 转录 RNA编辑分析 使用REDItools进行RNA编辑分析 10 此分析需要构建链特文库，如果不是链特文库，缺少链方向的相关分析内容 最好提供DNA重测数据进行矫正，降低RNA编辑位点的假阳性
3 转录 等位基因差异性表达（ASE）分析 通过SNP位点信息或者差异基因进行 14
4 转录 使用ANNOVAR注释SNP位点 使用ANNOVAR注释SNP位点 7
5 转录 CARD数据库抗性基因注释 CARD数据库抗性基因注释 7
6 转录 利用Metacycle进行时序性表达分析 利用Metacycle进行时序性表达分析 6
7 转录 利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析 利用Mfuzz R包进行时序性表达分析 6
8 转录 利用maSigPro包进行时序性表达分析 利用maSigPro包进行时序性表达分析 6
9 转录 利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析 利用TCseq包进行基因表达趋势分析 6
10 转录 多组合TCC差异分析 多组合TCC差异分析 6
11 转录 差异基因进行双因素方差分析 差异基因进行双因素方差分析 6
12 转录 ASprofile可变剪切分析 ASprofile可变剪切分析 10
13 转录 SpliceSeq可变剪切分析 SpliceSeq可变剪切分析 10 用于TCGA数据库下载转录组数据的可变剪接分析
14 转录 PS1分析并绘制SE图片 PS1分析并绘制SE图片 10
15 转录 ipath分析 ipath分析 5
16 转录 预测分泌蛋白分析 预测分泌蛋白分析 10
17 转录 PPI结果中蛋白的注释 PPI结果中蛋白的注释 7 可基于转录组的 PPI 结果中展示的互作蛋白 id，提供 String 数据库中蛋白对应的注释信息
18 转录 蛋白结构域预测分析 蛋白结构域预测分析 7 基于蛋白组序列与 pfam 数据库比对以预测蛋白的结构域信息，寻找蛋白结构域
19 转录 内参基因分析 内参基因分析 6 magic
20 转录 密码子偏好性分析 密码子偏好性分析 7
21 转录 内含子保留率分析 内含子保留率分析 10
22 转录 U2-型内含子、U12-型内含子鉴定 U2-型内含子、U12-型内含子鉴定 10
23 转录 tSNE与UMAP聚类分析 tSNE与UMAP聚类分析 6
24 转录 样本与表型的聚类分析以及保守性分析 样本与表型的聚类分析以及保守性分析 6
25 转录 SNP构树 SNP构树 7
26 转录 个性化条目:个性化热图绘制 个性化热图绘制 5 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
27 转录 个性化circos图绘制 个性化circos图绘制 5 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
28 转录 个性化条目:多组合气泡图的绘制 多组合气泡图的绘制 5 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
29 转录 个性化条目:个性化相关系数图 个性化相关系数图 5 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
30 转录 PCA散点图绘制 PCA散点图绘制 5 交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
31 转录 fusioncatcher（医学专用） fusioncatcher（医学专用） 5
32 转录 CIBERSORT免疫浸润分析（医学专用） CIBERSORT免疫浸润分析（医学专用） 7
33 转录 TCR分析（医学专用） TCR分析（医学专用） 10
34 转录 免疫相关因子分析-Immunophenogram（医学专用）医口高级分析模块 免疫相关因子分析-Immunophenogram（医学专用） 7
35 转录 肿瘤微环境-Xcell（医学专用）医口高级分析模块 肿瘤微环境-Xcell（医学专用） 7
36 转录 肿瘤纯度与评分-ESTIMATE（医学专用）医口高级分析模块 肿瘤纯度与评分-ESTIMATE（医学专用） 7
37 转录 TOGCN分析 TOGCN分析 7
38 转录 细胞组分分析/Music分析 细胞组分分析/Music分析 7
39 转录 转座子、TE、LTR、ERV分析 转座子、TE、LTR、ERV分析 如物种是人，不需侧预测（9d）；如要预测TE（14d）
40 转录 基因表达相关性图 基因表达相关性图 5
41 转录 Kaplan–Meier生存分析 Kaplan–Meier生存分析 7
42 转录 分子分型分析 分子分型分析 7 张新
43 转录 cazy碳水化合物数据库 CAZy富集分析（CAZy和kegg酶分类） 7
44 转录 斯皮尔曼相关性热图 斯皮尔曼相关性热图 5
45 转录 基因表达量分布图 基因表达量分布图 5
46 转录 RNA编辑分析 RNA编辑脱靶数据分析（与RNA编辑是一样的） 10
47 转录 长距离mRNA鉴定分析 长距离mRNA鉴定分析 14
48 转录 COG富集分析 COG富集分析 7
49 转录 小鼠-免疫浸润分析医口高级分析模块 小鼠-免疫浸润分析 7
50 转录 疾病诊断模型构建 疾病诊断模型构建 7
51 转录 可变ploya 可变ploya 7
52 转录 分子分型分析（CMS） 分子分型分析（CMS） 7

宏转录组

序号 产品类型 售后条目 分析内容 分析周期（工作日） 评估须知 客户须知 维护人 备注
1 宏转录组 环境因子分析 环境因子分析 5
2 宏转录组 VPA分析 方差分解分析（VPA Variance Partitioning Analysis）分析 5
3 宏病毒 宏病毒完整性评估 宏病毒完整性评估 5

调控售后条目

序号 产品类型 售后条目 分析内容 分析周期（工作日） 评估须知 客户须知 维护人 备注
1 lncRNA/circleRNA WGCNA分析 WGCNA分析 10 参考流程
2 lncRNA/circleRNA GSEA GSEA 分析 9 参考流程交付脚本
3 lncRNA 时间序列分析 利用maSigPro包进行时序性表达分析 时间序列分析 6
4 lncRNA RNA编辑分析 RNA编辑分析 10
5 lncRNA/circleRNA 个性化热图绘制 个性化热图绘制 5
6 lncRNA/circleRNA 个性化circos图绘制 个性化热图绘制 5
7 lncRNA 节律基因分析利用Metacycle进行时序性表达分析 节律基因分析 7
8 lncRNA/circleRNA 预测分泌蛋白分析 预测分泌蛋白 10
9 lncRNA/circleRNA 等位基因差异性表达（ASE）分析 等位基因偏向性表达（ASE）分析 14
10 lncRNA lncRNA Rfam家族分析 lncRNA Rfam家族分析 7
11 miRNA 玫瑰图 玫瑰图 5
12 lncRNA/circleRNA/miRNA 多阈值筛选火山图 多阈值筛选火山图 5
13 lncRNA/circleRNA lncRNA差异圈图 lncRNA差异圈图 5
14 lncRNA/全转 [关联分析circos图 关联分析circos图 5 参考流程
15 lncRNA 分析lncRNA是否为miRNA的前体 分析lncRNA是否为miRNA的前体 5
16 lncRNA 单个样本lnc和mRNA表达circos圈图 单个样本lnc和mRNA表达circos圈图 7 参考圈图
17 miRNA miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析 miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析 5
18 lncRNA tasi RNA的丰度（已知序列定量） tasi RNA的丰度（已知序列定量） 5

表观售后条目

序号 产品类型 售后条目 分析内容 分析周期（工作日） 评估须知 客户须知 维护人 备注
1 chip 选取特定基因绘制差异火山图 选取特定基因绘制差异火山图 5
2 chip 要求做peak在染色体上的分布 要求做peak在染色体上的分布 7
3 chip 染色体circ图 染色体circ图 7
4 chip 某个基因的热图和meta图 某个基因的热图和meta图 7
5 chip IGV数据分析可视化 IGV数据分析可视化 3
6 chip 表观类产品增强子分析 表观类产品增强子分析 3

信息组会分享

序号日期信息主题
12023/3/30冯洁爬虫
22023/4/7刘琰组会分享LY
32023/4/14李正男组会分享4
42023/4/21李航组会分享5
52023/4/28王帅组会分享1
62023/5/5王虹雨组会分享
72023/5/12阳丹组会分享2
82023/5/17张新组会分享3
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uniport亚细胞定位uniport亚细胞定位张新20220601