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宏基因组物种功能气泡图

meta标准分析功能注释结果中,以CAZy为例,仅提供了物种和功能的对应关系表Unigenes.CAZY.tax.xls,本次优化利用该文件,与unigene的丰度信息连接,获得物种-功能丰度信息,并绘制气泡图

输入文件

标准交付结果-酶-物种对应关系表:Unigenes.CAZY.tax.xls

标准交付结果-均一化后的unigene绝对丰度表:Unigenes.readsNum.even.xls

样本分组信息:group.list

指定的酶名称:level2top15.txt

指定物种的名称:level_g_top20.txt

测试路径及工作脚本

/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/X101SC19110328-Z01-meta-cazy/up_all/X101SC19110328-Z01-F006/analysis
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/X101SC19110328-Z01-meta-cazy/up_all/X101SC19110328-Z01-F006/analysis/paopao.R \
  --fun_tax Unigenes.CAZY.tax.xls \
  --even_unigene Unigenes.readsNum.even.xls \
  --group group.list \
  --tax level_g_top20.txt \
  --fun level2top15.txt \

最终效果展示