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合并组甲基化水平或CX_report

将同组的样本的甲基化水平或者CX_report进行合并

脚本路径： 

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/merge_cx/merge.py

参数设置

usage: merge.py [-h] [-T TY] [-D INPUT_DIR] [-O OUTDIR] [-C CON] [-F FAI]
merge cx or Identification
optional arguments:
-h, --help                                   show this help message and exit
-T TY, --ty TY                               merge cx or ml
-D INPUT_DIR, --input_dir INPUT_DIR          the cx_report or mC_Identification dir
-O OUTDIR, --outdir OUTDIR                   the out dir
-C CON, --con CON                            condition.xls
-F FAI, --fai FAI                            fa.fai（只有mC_Identification需要fai）

输入文件

cx如释放路径中CX_report文件夹命名方式一致

mC_Identification 如结果文件中3.1中一致

condition.xls 如下所示

smaplegroup
WS10_1WS10
WS10_2WS10
WS10_3WS10
GS10_1GS10
GS10_2GS10
GS10_3GS10

输出

在out dir下建立log ，log文件夹下有各组的脚本

group_ml.sh 本地跑即可 group_cx.sh 需投递

结果输出在 输入路径下的 cx 或 ml 路径下