1. 展示转移元件和抗性基因在contigs上的分布情况

2. 箭头方向代表元件的方向

3. 箭头长度代表元件在contigs的长度和位置信息

4. 标注元件名称

5. 脚本关键思路：从输入文件中整合转移元件的位置和方向信息，调用draw_genePos2.pl脚本绘图

输入文件：转移元件的注释及位置信息 scaftig.mag.mge.info.xls

抗性基因位置和方向信息：E11.rename.mgm.gff

三种转移元件的Blast M8标准输出文件：interal.blastout.m8

主脚本及测试路径：/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi

/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi/transfer_element.py \
 --maginfo scaftigs.mag.mge.info.xls \   #获取转移元件的位置信息
 --interal interal.txt  \                #获取转移元件的方向信息blastm8格式
 --isfinder isfinder.txt  \              #获取转移元件的方向信息blastm8格式
 --plasmid plasmid.txt \                 #获取转移元件的方向信息blastm8格式
 --aro /TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/zhuanyi/ARO \    #抗性基因位置和方向信息
 --result result.txt \                   #结果
 --log log.txt                           #日志

perl /PUBLIC/software/MICRO/share/MicroGenome_pipeline/MicroGenome_pipeline_v6.0/lib/04.Genome_Function/GI/draw_genePos2.pl  result.txt  --sign --scal  --height 500 --flanky 60 --width 1000 --hcolor --fsize 20 --fsize2 20 --reverse --signcln 10  > transfer_element.svg
/usr/bin/convert transfer_element.svg transfer_element.png

result.txt和log.txt