为应对miRNA流程更新对原有脚本进行优化。
1.修改脚本中miRNA差异结果路径。
2.更换富集分析软件与miRNA新流程一致。
3.修改report。
/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/asso/miRNA_mRNA/new/custom_sRNA_analysis.new.pl
perl /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/lihang/asso/miRNA_mRNA/new/custom_sRNA_analysis.new.pl \
-project asso \ #报告中显示的项目号
-od /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso \ #工作目录
-asso y \
-type Ref \ #mRNA项目类型 "Ref" or "NoRef" or "med"
-t plant \ #animal or plant for "NoRef"
-mirna /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/miRNA/Result_X101SC22053906-Z01-J004_Solanum_lycopersicum/14.DiffExprAnalysis/14.4.DiffExprAnalysis \ #miRNA差异目录
-mrna /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/mRNA/Result_X101SC22041739-Z01-J007-B7-16/5.Differential/1.deglist \ #mRNA差异目录
-union /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/mRNA/Result_X101SC22041739-Z01-J007-B7-16/5.Differential/3.cluster/diff_uion.xls \ #mRNA gene fpkm
-mirnacn VirusvsWT \
-mrnacn VirusvsWT \
-assotype ref \ #miRNA项目类型 miRNA-ref:"ref"; miRNA-noref:"noref"
-pairs /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202208/X101SC22053906-Z01-J004_asso/raw/miRNA/Result_X101SC22053906-Z01-J004_Solanum_lycopersicum/15.miRNA_target/targets_gene.pairs \ #miRNA靶向分析结果 两列 miRNA target_gene
-species sly \ #kegg三字母
-refdir /TJPROJ6/GB_TR/reference_data/new_pip/Plant/Solanum_lycopersicum/Solanum_lycopersicum_ncbi_srna/genome/ \ #参考基因组路径
1.填写参数到asso.sh（后面脚本中会找asso.sh文件）
2.sh asso.sh
3.在od目录下生成Association
4.nohup sh run_association_analysis.sh &
将在od路径下的Association/result中生成
1.富集分析消耗大量时间。或可调整背景基因解决。
2.目前只有做有参mRNA和有参miRNA可按流程顺利执行。