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简介

BactDating的目标是对细菌系统发生树节点进行贝叶斯分析。通常需要同时进行分子钟速率和共祖速率的贝叶斯估计。其他特点包括根位置的推断、缺失采样日期和不同的进化模型分析。

用法

library(BactDating)
tree=simcoaltree(1990:2010)
plot(tree)
ape::axisPhylo(backward=F)
obsphy=simobsphy(tree)
r=roottotip(obsphy,1990:2010)
res=bactdate(obsphy,1990:2010)
plot(res,'treeCI')

结果图片