Compare-indel分析时，结果文件会出现空行，抓不到信息的情况。

此流程仅作为compare-indel分析后的修复结果。

Compare-indel结果整理。

1. 链接基本分析结果：

在售后操作目录中建立文件夹：

02.varDetect/02.SNPindel/01.detection

02.varDetect/02.SNPindel/02.ANNO

将基本分析中涉及到的indel变异结果vcf文件，注释文件链接到上述目录中；

2. 生成位点文件：

将all.vcf中位点的缺失信息提取，将indel.vcf中的变异信息提取；

zcat sample*.all.vcf.gz       |grep -v '#' |grep '\.\/\.' >sample*.queshi.weidian
less sample*.filted.indel.vcf |grep -v '#' |cut -f1,2,10 |perl -pe 's/:.*//g' >sample*.indel.weidian

3. 合并indel注释文件：

把sample1和sample2的4个注释结果文件合并；

cat sample1.avinput.variant_function.indel sample1.avinput.variant_function.indel sample2.avinput.exonic_variant_function.indel sample2.avinput.exonic_variant_function.indel >sample1_sample2.indel

1. 正常配置及运行流程中的compare-indel脚本：

qsub run.compare.indel_pipeline.sh

2. 对结果进行处理：

mkdir deal
qsub cmd.sh

示例脚本：

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/02.PAG/Compare/cmd.sh

注：根据样本路径及名称修改以下脚本：

tiquweidian_genotype_sample01.pl

tiquweidian_genotype_sample02.pl

tiquweidian.pl

cmd.sh的cut的列情况需要注意