流程脚本路径：

/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS/Methylation_Pipeline_V7.3.2.qsubname.py

测试路径：

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/test/DML

流程修改日志

准备文件：

• run.sh
• 甲基化结果文件
• samplelist.config

• run.sh (已测试√)

sh run.sh

run.sh :
python  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS/Methylation_Pipeline_V7.3.2.qsubname.py  \
--project X101SC21083023-Z01-J002-B1_Glycine_max,东北农业大学20个大豆全基因组甲基化分析技术服务（委托）合同,X101SC21083023-Z01-J002-B1 \
--sampleconfig samplelist.config \
--direction yes \
--dml yes \
--datasize 100 \
--genome /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21083023-Z01-J002_chongfenxi/reference \
--gtf /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21083023-Z01-J002_chongfenxi/reference/genome.gtf \
--chrlist /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21083023-Z01-J002_chongfenxi/reference/chrlist \
--goann /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21083023-Z01-J002_chongfenxi/reference/go.txt \
--genenamefile /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21083023-Z01-J002_chongfenxi/reference/gene.genenames \
--species gmx \
--features promoter,exon,intron \
--name xinxi \
--yunyingname yunying \
--HEADCROP 10 \
--library_type LiBS \
--queue rnash.q \
--group DN_0,M_0,DN_10,M_10 \
--groupname DN_0,M_0,DN_10,M_10 \
--compare 2:1,3:1,4:3,4:2 \

• 将data_release中的CX_report文件链接到2号文件夹每一个样本文件夹中的bismark_result

cp DN_0.clean.fq_bismark_bt2_pe.sam_deduplicated_to_representative_sequences_pe.CX_report.txt_sorted.gz 
2.Map_Methy/DN_0/bismark_result 

• 投递每个样本文件夹下的dmr_dplit_data.sh(2G 1p)，对每个样本的C位点信息按染色体进行拆分

cd  4.DME_Methy/dmr_split/DN_0
qsub dmr_dplit_data.sh

• 投递run_DMR_prepare.sh(1G 1p)脚本，生成每个比较组合的dml分析脚本

cd 4.DME_Methy/dmr_split
qsub run_DMR_prepare.sh

• 本地sh A_vs_B_qsub.sh，自动投递dml分析脚本

cd 4.DME_Methy/DN_10_vs_DN_0
sh DN_10_vs_DN_0_qsub.sh

• 投递A_vs_B_merge.sh（1G 1p）,合并dml分析结果

qsub DN_10_vs_DN_0_merge.sh