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简介

KIR分型，即杀伤细胞免疫球蛋白样受体分型，主要涉及NK细胞及部分T细胞表面的一类受体。杀伤细胞免疫球蛋白样受体（KIRs）在记忆性T细胞和NK细胞上表达，是NK细胞功能的关键调节因子。KIR及其配体MHC-I类（HLA-A、-B、-C）分子具有高度多态性，特殊的相互作用会影响一些疾病的发生率、进展和结果，如妊娠并发症、病毒感染、自身免疫性疾病和血液系统恶性肿瘤。

功能

利用软件TK1对KIR和HLA同时分型

数据准备

fastq文件，最好是clean

数据分析

1 示例路径

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/HLA_KIR/KIR

2 分析脚本 

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/HLA_KIR/T1K/bin/run-t1k \
	-1 FPBSYY_FKDO230630961-1A_H2WH5DSXC_L3_1.fq.gz \
	-2 FPBSYY_FKDO230630961-1A_H2WH5DSXC_L3_2.fq.gz \
	-f /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/HLA_KIR/T1K/T1K-master/kiridx/kiridx_dna_seq.fa \
	--preset kir-wgs 

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/HLA_KIR/T1K/bin/run-t1k \
	-1 FPBSYY_FKDO230630961-1A_H2WH5DSXC_L3_1.fq.gz \
	-2 FPBSYY_FKDO230630961-1A_H2WH5DSXC_L3_2.fq.gz \
	--preset hla \
	-f /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/HLA_KIR/T1K/T1K-master/hlaidx/hlaidx_dna_seq.fa

交付结果

HLA-A	2	HLA-A*02:03:01	152.858684	60	HLA-A*33:03:01	133.517505	60	
HLA-B	2	HLA-B*38:02:01	126.169345	60	HLA-B*58:01:01	85.901779	42	HLA-B*35:03:01;25.360357;6
HLA-C	2	HLA-C*03:02:02	103.610108	54	HLA-C*07:02:01	165.047844	60	
HLA-E	2	HLA-E*01:03:01	231.036814	60	HLA-E*01:01:01	130.387184	60	
HLA-F	2	HLA-F*01:01:01	159.010307	60	HLA-F*01:01:02	131.500342	60	
HLA-G	2	HLA-G*01:04:01	223.837985	60	HLA-G*01:01:01	204.208760	60	
HLA-H	2	HLA-H*02:08:01	174.114347	60	HLA-H*01:01:01	155.985071	60	
HLA-J	1	HLA-J*01:01:01	447.136916	60	.	0	-1	
HLA-K	2	HLA-K*01:04	66.880141	35	HLA-K*01:02	54.243614	26	
HLA-L	2	HLA-L*01:01:01	116.092688	60	HLA-L*01:03	102.130274	60