1.公司做Lefse分析时，重复的菌要怎么处理呢，会删除重复值吗？如果删除，那删除的标准是怎样的呢？ 不会删除，例如，即使某一层级名称重复，其他层级名称也会不同，而lefse分析是使用物种名称实际上是从界到该层级的全称，可见附图（若某一层级名称重复，老师可通过查看LDA.1.res文件区分） 2.做Lefse分析时，会去除掉丰度较低的菌吗？如果会去掉的话，去除的标准是什么呢？ 未设置物种过滤 3.另外，想知道LDAscore是怎么计算的呢，有相关的计算原理和公式方便给一下吗 我们使用的lefse本来就是个软件，相关计算原理建议可查询官方说明（https://galaxyproject.org/learn/visualization/custom/lefse/）