chip项目中，我们给老师做了motif富集，有老师有需求，要找到motif在染色体中位置。

1./TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/jiaoben/chip/motif/bin/summits_bed_to_get_motif.sh处理峰的文件，作为bed文件
2./TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/jiaoben/chip/motif/bin/prepare_motif_file.py生成脚本

  usage: prepare_motif_file.py [-h] [-I INMOTIF] [-L LIST] [-O OUTDIR] [-F FA]
                           [-B BED] [-S]
  
  prepare motif file
  
  optional arguments:
    -h, --help            show this help message and exit
    -I INMOTIF, --inmotif INMOTIF
                      the matrix of motif, multi file split by ",", such as
                      /PUBLIC/software/RNA/HOMER/data/knownTFs/known.motifs    #手动流程的总背景文件
                      /TJPROJ7/EPI/WORK/Software/miniconda3/envs/motif/share/homer/data/knownTFs/known.motifs   #自动化流程的总背景文件
     -L LIST, --list LIST  the motif name
     -O OUTDIR, --outdir OUTDIR
                      the out dir
     -F FA, --fa FA        the fa file
     -B BED, --bed BED     the bed file
     -S, --same            use same parameter with pipline  添加该参数可保证找到的目标序列位置与富集中的数量一致