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简介

分子群体遗传学是当代进化生物学研究的支柱学科, 也是遗传育种和关于遗传关联作图和连锁分析的基础理论学科。分子群体遗传学是在经典群体遗传的基础上发展起来的, 利用大分子主要是DNA序列的变异式样来研究群体的遗传结构及引起群体遗传变化的因素与群体遗传结构的关系, 从而使得遗传学家能够从数量上精确地推知群体的进化演变, 不仅克服了经典的群体遗传学通常只能研究群体遗传结构短期变化的局限性, 而且可检验以往关于长期进化或遗传系统稳定性推论的可靠程度。同时, 对群体中分子序列变异式样的研究也使人们开始重新审视达尔文的以“自然选择”为核心的进化学说。

功能

多态性分析

数据准备

单个样本的vcf文件 genotype矩阵，基因组索引等文件

数据分析

1 示例路径

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/polymorphism/01.test

2 分析脚本 

python3 /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/polymorphism/00.bin/jinyue_RNA_polymorphism.py \
	/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/polymorphism/01.test/fish-dp4-miss0.3-maf0.01.vcf.gz  \
	/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/polymorphism/01.test/group_id  \
	out.xls \

3 流程参数 

参数1： vcf文件，（.vcf  or .vcf.gz)
参数2： 分群文件，（第一列样品名，第二列分群名，以\t分隔）
参数3： 输出文件

交付结果

out.xls 结果包含：有效等位基因数；平均等位基因数；多态信息含量（PIC）；遗传分化系数（Fst）；核苷酸多样性（Pi）；Nei标准遗传距离（DR）；哈迪-温伯格平衡法则检验 （HWB检验）；基因流（Nm）；香农多样性指数 （Shannon Diversity Index，简写I）；预期与观测杂合度（ho、he)；多态位点百分率