ResFinder在测序的细菌分离株中鉴定获得性抗微生物耐药基因。github网站：https://github.com/cadms/resfinder/

输入数据为fasta格式gene序列，软件安装路径/TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/run_resfinder.py

使用命令：
  /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/run_resfinder.py -o path/to/outdir -s "Escherichia coli" -l 0.6 -t 0.8 --acquired --point -ifq test_isolate_01_* 
  

测试路径： /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/tests/running_test/test1

测试结果： /TJPROJ6/RNA_SH/script_dir/annotation/resfinder_4.1.11/bin/tests/running_test/test1/resfinder_result.zip

表头注释

Database：耐药类型
Resistance gene：耐药基因
Identity：相似度
Query/Template length：比对序列与模板序列长度
Contig：序列来源contig
Position in contig：在contig具体位置
Predicted phenotype：预测表型
Accession number：Accession号