scaftig转移元件第一步是将宏基因组基因集与 CARD 数据库比对结果及基因预测后的 gff 文件，找到含有抗性基因的 scafitigs，第二步是将找到含有抗性基因的scafitigs 与转移元件数据库比对，挖掘在该scafitigs 上的转移元件信息。若该基因既没有在plasmid，也没有 intergron 及IS上面，说明该基因只是没注释到转移元件数据库，但是是含有抗性基因的scaftigs。