GPS性状定位 GPS（Pair-wise Comparison Analysis for Multiple Pool-seq）多池成对比较分析，是在BSA混池测序，index计算的基础上延伸的分析方法。GPS是对BSA分析的优化。 原理：根据目标性状表现型对分离群体中的个体分别进行分组混合，将群体中的个体或株系依据目标性状的相对差异分成三组到多组，然后将组内的个体或株系DNA混合，形成相对的DNA混合池。对亲本和子代混池进行建库测序，检测SNP，然后根据亲本间纯和差异的位点，计算子代池的index值，通过对多组BSA组间的差异化和共同化分析，获得性状相关区域和性状相关位点。 BSA的双极端池，可以有效的筛选出控制性状的主要基因。但是面对一个群体中的一个性状，有时是多基因控制的性状，这种性状，由于有主效和微效基因相互干扰，在仅仅只有两个极端池的情况下，无法完全筛选出全部的相关基因。

1 参考基因组及索引 2 准备gff3和功能注释文件。 格式例如/TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff

脚本示例 ： /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/BSA_afssale/standard_GPS/standard_GPS_major.sh

perl /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/createGPSPipeLineShellv1.pl \
	-cfg rawData.info \
	-fa /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa \
	-faUrl http://39.100.233.196:82/download_genome/Brassica_Genome_data/Brara_Chiifu_V3.5/Brara_Chiifu_V3.5.fa.gz \
	-gff /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/new_Brara_Chiifu_V3.5.gff \
	-anno /TJPROJ6/CCX/DataBase/Brassica/Brara_Chiifu_V3.5/gene.genenames \
	-projID X101SC22101493-Z01 \
	-outDir ./anlasis \
	-p1 NHCC076_F \
	-p2 NHCC049_M \
	-pool HC1,HC2,HC3  \
	-appPathFile /TJPROJ10/CCX/Share/Pipeline/GPS/GPS/appPath.info \
	-split NO \
	-projname 都市研究所5个样本BSA测序分析技术服务（委托）合同 \
	-chrnum 10