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真核生物基因的一个基本特征是它们被一个或多个内含子所间隔，这些间隔 DNA 在转 录后被除去以形成具有完整读码框的 mRNA，这一过程叫做内含子的剪接。根据剪接机制 的不同，可将内含子分为 3 类：真核 mRNA 内含子、自我剪接内含子和真核 tRNA 内含子， 其中主要是真核 mRNA 内含子。真核 mRNA 内含子有两种类型：U2-型内含子和 U12-型内 含子，U2-型内含子存在较为普遍，占总数的 99%，而 U12-型内含子含量较少( <0.4% )。 U2-型内含子的 5 剪接位点( 5’splicing site，5’ss)具有 AG/GTAAGT 的保守序 列，3′剪接位 点具有 TGCAG/G( 3′splicing site，3′ss)的保守序列。分支点位于 3′ss 上游大约 20~30nt 处， 序列并不保守，一般含有一个腺苷酸，突变或缺失腺苷酸会 降低剪接的效率或导致 pre-mRNA 无法剪接。脊椎动物内含子分支点下游还有一段多聚 嘧啶序列，是其他生物内 含子不具有的。植物内含子的一个显著特点就是富含 UA 序列 ， UA 序列均匀的分散在整 个内含子当中，对于保证剪接的保真度和精确性起着关键的作 用。虽然 U12-型内含子含量 较少，但是在植物、哺乳动物、昆虫的核基因组中均有发现。 第一个发现的 U12-型内含子 是以 AT 双核苷酸开始，AC 双核苷酸结束，所以 U12-型内含 子又被称为 AT-AC 型内含子。 后来发现 U12-型内含子也有 GT-AG 型的，此外还有一小部 分边界并不规则。U12-型内含 子 5′-ss( G/ATATCCTY)和分支点( TCCTTRAY)序列高度保 守，而 3′ss 序列的保守性稍差 ( YAC/G)，与分支点之间距离大约为 10~20nt。植物 U12- 型内含子也富含 UA 序列，与 U2- 型内含子相似。