将同组的样本的甲基化水平或者CX_report进行合并
脚本路径:
/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/new/gongdan/merge_cx/merge.py
usage: merge.py [-h] [-T TY] [-D INPUT_DIR] [-O OUTDIR] [-C CON] [-F FAI] merge cx or Identification optional arguments: -h, --help show this help message and exit -T TY, --ty TY merge cx or ml -D INPUT_DIR, --input_dir INPUT_DIR the cx_report or mC_Identification dir -O OUTDIR, --outdir OUTDIR the out dir -C CON, --con CON condition.xls -F FAI, --fai FAI fa.fai(只有mC_Identification需要fai)
cx如释放路径中CX_report文件夹命名方式一致
mC_Identification 如结果文件中3.1中一致
condition.xls 如下所示
smaple | group |
---|---|
WS10_1 | WS10 |
WS10_2 | WS10 |
WS10_3 | WS10 |
GS10_1 | GS10 |
GS10_2 | GS10 |
GS10_3 | GS10 |
在out dir下建立log ,log文件夹下有各组的脚本
group_ml.sh 本地跑即可 group_cx.sh 需投递
结果输出在 输入路径下的 cx 或 ml 路径下