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脚本路径：

/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA

测试路径：

/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3

准备文件：

• 转录结果文件
• 甲基化流程分析结果文件
• 甲基化cx-report

• rna_seq文件夹准备，甲基化文件准备，run.sh,prepare.sh

rna_seq文件夹准备：

• 在关联分析执行路径下mkdir -p rna_seq/Diff_TR/Diff/CQDvsCQ（AvsB为差异比较组合，组名需要和甲基化保持一致）
• 通过转录结果gene_fpkm.xls计算每组所有生物学重复fpkm的平均值：rna_seq/Diff_TR/Diff/rowmeans_fpkm.xls
• 在比较组合目录下准备差异结果CQDvsCQ.Differential_analysis_results.xls，差异基因列表CQDvsCQ.diffgeneID_down,CQDvsCQ.diffgeneID_up,CQDvsCQ.diffgeneID

甲基化分析路径如果不存在，需要重新准备：

• 在甲基化分析路径下mkdir -p 2.Map_Methy/${sample}/bismark_result,将cx-report文件链过来${sample}_1.clean.fq_bismark_bt2_pe.sam_deduplicated_to_representative_sequences_pe.CX_report.txt_sorted.gz
• 标准分析结果文件

使用/TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/new_associate_prepare.pl时

 rna_seq文件夹准备：
       *在关联分析执行路径下mkdir -p rna_seq/Diff_TR/Diff，将转录的结果中*Differential/1.deglist下比较组合目录软链过来
       *通过转录结果gene_fpkm.xls计算每组所有生物学重复fpkm的平均值：rna_seq/Diff_TR/Diff/rowmeans_fpkm.xls
 *甲基化分析路径，需要重新准备：
       *在关联分析路径下mkdir -p methydir,将甲基化释放的CX_report（目录名称为CX_report，下层放cx文件）和解压好的结果文件软链到该路径下

prepare.sh

perl /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/associate_prepare.pl \
  -methydir /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21114961-Z01-J001_asso/WGBS/EPI/TJPROJ7/EPI/Projects/WGBS_2021_Q4/X101SC21114961-Z01-J001-B1-36_kongxincai_WGBS_20211215 \##甲基化路径，需包含2号文件夹和结果文件
  -refdir /TJPROJ6/NC_BG_SH/shouhou/202205/X101SC21114961-Z01-J001_asso/rna_seq \##rna_seq准备文件
  -Genomedir /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Genome_Reg/all \##WGBS参考基因组路径，到Genome_reg/all
  -outdir /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3/Prepare \##prepare输出路径
  -fai /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Chr.genome.fa.fai \##参考基因组fai文件
  -group CQ1:CQ2:CQ3,CQD1:CQD2:CQD3 \##同WGBS run.sh,组名在WGBS和转录组中都有且一致
  -groupname CQ,CQD \#同WGBS run.sh,组名在WGBS和转录组中都有且一致
  -compare 2:1 \同WGBS run.sh,保证比较组合在WGBS和转录组中都有且case和control的顺序一致
  -report_features  promoter,utr5,exon,intron,utr3,genebody,upstream_2k,downstream_2k \ ##在WGBS run.sh的features基础上增加genebody、upstream_2k、downstream2k
  -Biorepeat yes \  ##是否有组内生物学重复

• 本地运行prepare.sh,在Prepare文件夹中生成sjm_prepare.sh,本地sh sjm_prepare.sh进行数据准备，等待脚本自动投递运行完即可。

run.sh

perl  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/new_Association_Pipeline_V2.pl \该pipline适配转录的环境变量
perl  /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/Association_Pipeline_V2.pl  \
  --project X101SC21114961-Z01-J001_Ipomoea_aquatica,海南大学甲基化和chip测序分析技术服务（委托）合同,X101SC21114961-Z01-J001-B1  \
  --preparedir /TJPROJ6/NC_BG_SH/personal_dir/liuying/WGBS_RNA/test3/Prepare \##prepare文件夹
  --species ath \##kegg物种，
  --group CQ1:CQ2:CQ3,CQD1:CQD2:CQD3 \同prepare.sh
  --groupname CQ,CQD \同prepare.sh
  --compare 2:1 \同prepare.sh
  --fa /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/Chr.genome.fa \##WGBS参考基因组fa
  --gtf /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/gene.gtf \##参考基因组gtf
  --chrlist /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/chrlist \#同WGBS
  --goann /TJPROJ1/RNA/reference_data/Plant/Ipomoea_aquatica/kehu_provide/WGBS/go.txt \#同WGBS
  --features promoter,utr5,exon,intron,utr3,genebody,upstream_2k,downstream_2k  \##同prepare.sh

*本地运行run.sh后会生成sjm_Associate_analysis.sh,sh sjm_Associate_analysis.sh进行关联分析。