qiime2流程中，只计算了chao1，dominance，goods_coverage，observed_otus，pielou_e，shannon，simpson这几个alpha多样性指数。

而实际上还有其他多种指数可以通过qiime2内置命令计算获得，以及其差异箱型图。

qiime2多种alpha多样性指数计算及差异箱型图。

1. 多样性指数qza文件的生成：

source /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_MICRO/share/16S_pipeline/conda/bin/activate env_qiime2-2020.6
qiime diversity alpha \
    --i-table asv_table_even.qza \    
    --p-metric doubles \
    --o-alpha-diversity doubles.qza

qiime diversity alpha \
    --i-table asv_table_even.qza \
    --p-metric fisher_alpha \
    --o-alpha-diversity fisher_alpha.qza

qiime diversity alpha \
    --i-table asv_table_even.qza \
    --p-metric gini_index \
    --o-alpha-diversity gini_index.qza

qiime diversity alpha \
    --i-table asv_table_even.qza \
    --p-metric brillouin_d \
    --o-alpha-diversity brillouin_d.qza

通过更改–p-metrics参数，更改要分析的多样性指数。

示例脚本：

sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2/gxh-alpha/alpha1.sh 

此处增加了doubles，fisher_alpha，gini_index，brillouin_d四种多样性指数。

2. 多样性指数qzv文件的生成：

source /TJPROJ2/GB/PUBLIC/source/GB_MICRO/share/16S_pipeline/conda/bin/activate env_qiime2-2020.6
qiime diversity alpha-group-significance \
    --i-alpha-diversity doubles.qza \
    --m-metadata-file metadata.tsv \
    --o-visualization doubles.qzv
rm -rf doubles_qzv && qiime tools export \
    --input-path doubles.qzv \
    --output-path doubles_qzv

qiime diversity alpha-group-significance \
    --i-alpha-diversity fisher_alpha.qza \
    --m-metadata-file metadata.tsv \
    --o-visualization fisher_alpha.qzv
rm -rf fisher_alpha_qzv && qiime tools export \
    --input-path fisher_alpha.qzv \
    --output-path fisher_alpha_qzv

qiime diversity alpha-group-significance \
    --i-alpha-diversity gini_index.qza \
    --m-metadata-file metadata.tsv \
    --o-visualization gini_index.qzv
rm -rf gini_index_qza && qiime tools export \
    --input-path gini_index.qzv \
    --output-path gini_index_qzv

qiime diversity alpha-group-significance \
    --i-alpha-diversity brillouin_d.qza \
    --m-metadata-file metadata.tsv \
    --o-visualization brillouin_d.qzv
rm -rf brillouin_d_qza && qiime tools export \
    --input-path brillouin_d.qzv \
    --output-path brillouin_d_qzv

示例脚本：

sh /TJPROJ5/META_ASS/16s/chenjiawei/script/qiime2/gxh-alpha/alpha2.sh

https://docs.qiime2.org/2021.2/plugins/available/diversity/alpha/?highlight=alpha