克隆结构分析时，客户需要将多个肿瘤样本同时进行分析。

此流程作为流程中目前仅限单样本克隆结构的补充分析。

多样本克隆结构分析。

1. 客户已做克隆结构分析：

分析所使用的单样本克隆数据在AdvanceAnalysis/Clone/pyclone目录下各个样本下的*tsv文件

2. 客户未做克隆结构分析：

需先使用该流程生成*tsv文件：/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/singleClone.sh

python /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/Pyclones_analysis.py -i maf_cnv.list -o ./ -c 0 -s 1 -e 2 -n 4 -v cnv -r coding

获取tsv的配置文件：

1. 多样本克隆分析：

PYTHONPATH=/PUBLIC/software/CANCER/Software/Miniconda3/envs/python2/lib:/PUBLIC/software/CANCER/Software/Miniconda3/envs/python2/lib/python2.7/site-packages
/ifs/TJPROJ3/CANCER/share/software/miniconda3/envs/python2.7/bin/PyClone run_analysis_pipeline --in_files A.tsv B.tsv C.tsv --working_dir pyclone_analysis

示例脚本：

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/gexinghua/mutClone/mutClone.sh