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扩增子-ancom差异分析

扩增子-ANCOM差异分析

ANCOM分析不依赖于数据的分布假设,可以在线性模型框架中实现,并消除了使用相对丰度带来的偏差,从而能够有效降低结果的假阳性。

可以作为metastat/t-test等标准差异分析的补充。

输入文件

标准交付结果-均一化后的丰度表:featureTable.sample.total.even.txt

样本-分组信息:group1.list

测试路径及工作脚本

/TJPROJ7/META_ASS/16s/sunhongtao/personal_demand/230417-00019-ancom/analysis
#暂未传参,可直接执行
/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/software/conda/envs/R_env/bin/Rscript ancom.R

最终效果展示及结果解读

结果简单解读: 使用W统计量来划分差异物种,W值越高,代表差异越显著

可进行ASV或者其它物种分类水平的差异分析

可对ASV进行分类,标注门水平的分类结果

使用ggrepel::geom_text_repel为W统计量>0.9的ASV添加指定水平的标签

扩增子-ancom差异分析.txt · 最后更改: 2023/07/10 03:46 由 sunhongtao