两种情况质控

有下机路径，文件命名包含诺禾编号，如FKDO240072420-1A_16SV34，接下来以情况1替代
客户直接提供数据，文件命名自定义，如SC120s.1，接下来以情况2替代

根据两种情况的质控方法分别如下：

情况1

（1）首先需要配置list，包含七列分别为：文库号、标签、下机路径、诺禾编号、扩增区间、项目批次、测序通道，七列缺一不可

其中第一列、第四列、第五列、第七列都能在路径或文件信息中找到，剩余三列可自定义，第二列要求不同的标签、都三列和第六列填写相同内容填写完list后使用：

（2）生成toml文件

''/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ13/GB_MICRO/USER/yangyuhong/script/qc_toml/tab2list.py list''

（3）在目录下mkdir log

''/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/source/amplicon/module/splitQualityControl -PJ qc.toml -OD ./ -SD ./log''

（4）将rawdata软链接到autoDemultiplex文件夹的最底层目录下

（5）进入log目录

''for i in $(ls qc*); do qsub -V -cwd -l vf=10G,p=2 -q meta_ass.q $i; done''

一键投递所有qc任务，结果在结果文件夹（项目批次id+扩增区间）下查看

情况2

（1）首先需要配置list，包含两列分别为：诺禾编号、扩增区间，两列缺一不可

（2）生成toml文件

''/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/qc/bin/tab2list.py list''

（3）在目录下mkdir log

''/TJPROJ7/GB_MICRO/PUBLIC/software/amplicon/python3/bin/python /TJPROJ7/META_ASS/16s/chenlei/jiaoben/qc/bin/splitQualityControl  -PJ qc.toml -OD ./ -SD ./log''

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情况1

（1）首先需要配置list，包含七列分别为：文库号、标签、下机路径、诺禾编号、扩增区间、项目批次、测序通道，七列缺一不可

（2）生成toml文件

（3）在目录下mkdir log

（4）将rawdata软链接到autoDemultiplex文件夹的最底层目录下

（5）进入log目录

情况2

（1）首先需要配置list，包含两列分别为：诺禾编号、扩增区间，两列缺一不可

（2）生成toml文件

（3）在目录下mkdir log

（4）将rawdata软链接到autoDemultiplex文件夹扩增区间的最底层目录下

（5）进入log下执行toudi.sh,结果在结果文件夹（扩增区间）下查看

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情况1

（1）首先需要配置list，包含七列分别为：文库号、标签、下机路径、诺禾编号、扩增区间、项目批次、测序通道，七列缺一不可

（2）生成toml文件

（3）在目录下mkdir log

（4）将rawdata软链接到autoDemultiplex文件夹的最底层目录下

（5）进入log目录

情况2

（1）首先需要配置list，包含两列分别为：诺禾编号、扩增区间，两列缺一不可

（2）生成toml文件

（3）在目录下mkdir log

（4）将rawdata软链接到autoDemultiplex文件夹扩增区间的最底层目录下

（5）进入log下执行toudi.sh,结果在结果文件夹（扩增区间）下查看

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