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去除嵌合体 软件：vsearch

版本：v2.16.0_linux_x86_64

vsearch

-uchime_ref 质控clean序列

-db 比对数据库

-nonchimeras 输出无嵌合体有效序列

16s 去除嵌合体比对数据库SILVA_138.1_SSURef_NR99/silva_Bac.Arc.fasta

ITS UNITE_v9.0/unite_v9.0_99_ITS.fa

Qiime1

其次， Uparse软件（Uparse v7.0.1001，http://drive5.com/uparse/）在进行OTUs聚类时也会对嵌合体形成的假性OTUs进行判断和去除。

Qiime2

在qiime2流程中，DADA2会对序列进一步质控。