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/data/NGS_RNA/software/miniconda3/envs/r_3.5.0/bin/Rscript /NGS/ngs/pipline_v1/new_ref/bin/bar_plot –stat /data3/ngs/X101SC19112140-Z01-F001-B1/new/DE0517_1DE0517_1_result/KEGG/G2vsG1/UP/G2vsG1_up_KEGGenrich.xls –type KEGG –cutoff padj –prefix /data3/ngs/X101SC19112140-Z01-F001-B1/new/DE0517_1DE0517_1_result/KEGG/G2vsG1/UP/G2vsG1_up_KEGGbar Error in `levels←`(`*tmp*`, value = as.character(levels)) :

factor level [19] is duplicated

Calls: factor Execution halted

rename <- function (x) {
    namelist <- c()
    for (i in 1:length(x)) {
        if (nchar(x[i]) >= 50) {
            vectors <- unlist(strsplit(x[i],' '))
            newname <- paste(vectors[1],vectors[2],vectors[3],vectors[4],vectors[5],'...',sep=' ')
            while(newname %in% namelist) {
                newname <- paste(newname,'.',sep='')
            }
            namelist[i] <- newname
        } else if(x[i] %in% namelist){
            while(x[i] %in% namelist) {
                newname <- paste(x[i],'.',sep='')
                x[i] <- newname
            }

            namelist[i] <- newname
        } else{
            namelist[i] <- x[i]
        }
    }
    return(namelist)
}

报错信息如下：

Error in if ((n <- as.integer(n[1L])) > 0) { : 
  missing value where TRUE/FALSE needed
  

报错原因：绘制GO有向无环图师，使用topGO，会调用R中GO.db来寻找子节点与父节点的关系，但是GO.db中的信息并不是一直不变的，所以有些GO ID在GO.db中没有，则会报这个错误。
目前新版有参准备参考基因组使用R版本有用到过3.4.2（南京集群）和3.5.0（天津集群），这两个版本中GO.db是不一致的，因此，可换用尝试绘制，来解决此问题。