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该部分分析，是使用picard 软件CollectRnaSeqMetrics模块。

测试路径/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/test/picard

根据/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/zhangxin/test/picard/region.txt，结合igv，结论如下：

1、如果某个gene的exon是另一个intron，则判断exon，即exon优先，然后是intron，最后是intergenic的优先级。 2、如果reads一段mapping到exon一段mapping段intron，软件是base计数，计碱基的个数，即mapping到exon的部分归为exon，mapping到intron的部分归为intron。