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柱状组图绘制工具

简介

多批次多分组样本批量绘制组图

功能

可以使用vcf文件直接作为输入文件

脚本使用

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools/group_barplot/run.sh

comfig : 自写一个配置文件,两列 :样本名 vcf文件路径

           例如:   /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liangjifeng/software/jiftools/group_barplot/comfig

genome : 参考基因组完整路径 注意需要和vcf配套,染色体名字必须对应得上

           例如      /TJPROJ5/GB_PAG/reference_data/Plant/ensemblgenomes_release-55_Oryza_sativa.IRGSP-1.0/Sequence/WholeGenomeFasta/genome.fa

数据输出目录:数据输出目录

order : 选择结果图片中将要展示的染色体,以及染色体顺序, 该参数必须填写

           例如   "1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,Pt,Mt"  表示只展示这14条染色体 并且按照这个先后顺序

参考文献和连接

柱状组图绘制工具.txt · 最后更改: 2023/12/27 07:29 由 liangjifeng