高级分析分析条目

普转_个性化分析手册-2022.06.pdf

序号	产品类型	售后条目	分析内容	分析周期（工作日）	评估须知	客户须知	维护人
1	转录/lncRNA	差异基因转录因子结合位点预测	使用tfbstools对录因子结合位点进行预测	7
2	转录	RNA编辑分析	使用REDItools进行RNA编辑分析	10	此分析需要构建链特文库，如果不是链特文库，缺少链方向的相关分析内容	最好提供DNA重测数据进行矫正，降低RNA编辑位点的假阳性
3	转录	等位基因差异性表达（ASE）分析	通过SNP位点信息或者差异基因进行	14
4	转录	使用ANNOVAR注释SNP位点	使用ANNOVAR注释SNP位点	7
5	转录	CARD数据库抗性基因注释	CARD数据库抗性基因注释	7
6	转录	利用Metacycle进行时序性表达分析	利用Metacycle进行时序性表达分析	6
7	转录	利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析	利用Mfuzz R包进行时序性表达分析	6
8	转录	利用maSigPro包进行时序性表达分析	利用maSigPro包进行时序性表达分析	6
9	转录	利用Mfuzz-TCseq R包进行时序性表达分析	利用TCseq包进行基因表达趋势分析	6
10	转录	多组合TCC差异分析	多组合TCC差异分析	6
11	转录	差异基因进行双因素方差分析	差异基因进行双因素方差分析	6
12	转录	ASprofile可变剪切分析	ASprofile可变剪切分析	10
13	转录	SpliceSeq可变剪切分析	SpliceSeq可变剪切分析	10	用于TCGA数据库下载转录组数据的可变剪接分析
14	转录	PS1分析并绘制SE图片	PS1分析并绘制SE图片	10
15	转录	ipath分析	ipath分析	5
16	转录	预测分泌蛋白分析	预测分泌蛋白分析	10
17	转录	PPI结果中蛋白的注释	PPI结果中蛋白的注释	7	可基于转录组的 PPI 结果中展示的互作蛋白 id，提供 String 数据库中蛋白对应的注释信息
18	转录	蛋白结构域预测分析	蛋白结构域预测分析	7	基于蛋白组序列与 pfam 数据库比对以预测蛋白的结构域信息，寻找蛋白结构域
19	转录	内参基因分析	内参基因分析	6			magic
20	转录	密码子偏好性分析	密码子偏好性分析	7
21	转录	内含子保留率分析	内含子保留率分析	10
22	转录	U2-型内含子、U12-型内含子鉴定	U2-型内含子、U12-型内含子鉴定	10
23	转录	tSNE与UMAP聚类分析	tSNE与UMAP聚类分析	6
24	转录	样本与表型的聚类分析以及保守性分析	样本与表型的聚类分析以及保守性分析	6
25	转录	SNP构树	SNP构树	7
26	转录	个性化条目:个性化热图绘制	个性化热图绘制	5	交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
27	转录	个性化circos图绘制	个性化circos图绘制	5	交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
28	转录	个性化条目:多组合气泡图的绘制	多组合气泡图的绘制	5	交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
29	转录	个性化条目:个性化相关系数图	个性化相关系数图	5	交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
30	转录	PCA散点图绘制	PCA散点图绘制	5	交付结果参考转录组个性化手册，脚本参考流程
31	转录	fusioncatcher（医学专用）	fusioncatcher（医学专用）	5
32	转录	CIBERSORT免疫浸润分析（医学专用）	CIBERSORT免疫浸润分析（医学专用）	7
33	转录	TCR分析（医学专用）	TCR分析（医学专用）	10
34	转录	免疫相关因子分析-Immunophenogram（医学专用）医口高级分析模块	免疫相关因子分析-Immunophenogram（医学专用）	7
35	转录	肿瘤微环境-Xcell（医学专用）医口高级分析模块	肿瘤微环境-Xcell（医学专用）	7
36	转录	肿瘤纯度与评分-ESTIMATE（医学专用）医口高级分析模块	肿瘤纯度与评分-ESTIMATE（医学专用）	7
37	转录	TOGCN分析	TOGCN分析	7
38	转录	细胞组分分析/Music分析	细胞组分分析/Music分析	7
39	转录	转座子、TE、LTR、ERV分析	转座子、TE、LTR、ERV分析	如物种是人，不需侧预测（9d）；如要预测TE（14d）
40	转录	基因表达相关性图	基因表达相关性图	5
41	转录	Kaplan–Meier生存分析	Kaplan–Meier生存分析	7
42	转录	分子分型分析	分子分型分析	7			张新
43	转录	cazy碳水化合物数据库	CAZy富集分析（CAZy和kegg酶分类）	7
44	转录	斯皮尔曼相关性热图	斯皮尔曼相关性热图	5
45	转录	基因表达量分布图	基因表达量分布图	5
46	转录	RNA编辑分析	RNA编辑脱靶数据分析（与RNA编辑是一样的）	10
47	转录	长距离mRNA鉴定分析	长距离mRNA鉴定分析	14
48	转录	COG富集分析	COG富集分析	7
49	转录	小鼠-免疫浸润分析医口高级分析模块	小鼠-免疫浸润分析	7
50	转录	疾病诊断模型构建	疾病诊断模型构建	7
51	转录	可变ploya	可变ploya	7
52	转录	分子分型分析（CMS）	分子分型分析（CMS）	7

宏转录组

序号	产品类型	售后条目	分析内容	分析周期（工作日）
1	宏转录组	环境因子分析	环境因子分析	5
2	宏转录组	VPA分析	方差分解分析（VPA Variance Partitioning Analysis）分析	5
3	宏病毒	宏病毒完整性评估	宏病毒完整性评估	5

调控售后条目

序号	产品类型	售后条目	分析内容	分析周期（工作日）	评估须知
1	lncRNA/circleRNA	WGCNA分析	WGCNA分析	10	参考流程
2	lncRNA/circleRNA	GSEA	GSEA 分析	9	参考流程交付脚本
3	lncRNA	时间序列分析利用maSigPro包进行时序性表达分析	时间序列分析	6
4	lncRNA	RNA编辑分析	RNA编辑分析	10
5	lncRNA/circleRNA	个性化热图绘制	个性化热图绘制	5
6	lncRNA/circleRNA	个性化circos图绘制	个性化热图绘制	5
7	lncRNA	节律基因分析利用Metacycle进行时序性表达分析	节律基因分析	7
8	lncRNA/circleRNA	预测分泌蛋白分析	预测分泌蛋白	10
9	lncRNA/circleRNA	等位基因差异性表达（ASE）分析	等位基因偏向性表达（ASE）分析	14
10	lncRNA	lncRNA Rfam家族分析	lncRNA Rfam家族分析	7
11	miRNA	玫瑰图	玫瑰图	5
12	lncRNA/circleRNA/miRNA	多阈值筛选火山图	多阈值筛选火山图	5
13	lncRNA/circleRNA	lncRNA差异圈图	lncRNA差异圈图	5
14	lncRNA/全转	[关联分析circos图	关联分析circos图	5	参考流程
15	lncRNA	分析lncRNA是否为miRNA的前体	分析lncRNA是否为miRNA的前体	5
16	lncRNA	单个样本lnc和mRNA表达circos圈图	单个样本lnc和mRNA表达circos圈图	7	参考圈图
17	miRNA	miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析	miRNA的靶基因和转录组差异基因的overlap分析	5
18	lncRNA	tasi RNA的丰度（已知序列定量）	tasi RNA的丰度（已知序列定量）	5

表观售后条目

序号	产品类型	售后条目	分析内容	分析周期（工作日）
1	chip	选取特定基因绘制差异火山图	选取特定基因绘制差异火山图	5
2	chip	要求做peak在染色体上的分布	要求做peak在染色体上的分布	7
3	chip	染色体circ图	染色体circ图	7
4	chip	某个基因的热图和meta图	某个基因的热图和meta图	7
5	chip	IGV数据分析可视化	IGV数据分析可视化	3
6	chip	表观类产品增强子分析	表观类产品增强子分析	3

信息组会分享

序号	日期	信息	主题
1	2023/3/30	冯洁	爬虫
2	2023/4/7	刘琰	组会分享LY
3	2023/4/14	李正男	组会分享4
4	2023/4/21	李航	组会分享5
5	2023/4/28	王帅	组会分享1
6	2023/5/5	王虹雨	组会分享
7	2023/5/12	阳丹	组会分享2
8	2023/5/17	张新	组会分享3

描述	连接	更新人
uniport亚细胞定位	uniport亚细胞定位	张新	20220601

售后

用户工具

站点工具

目录

高级分析分析条目

宏转录组

调控售后条目

表观售后条目

信息组会分享

页面工具