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样本一致性序列

提取一致性序列

脚本路径:

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/wanghongyu/script/consensus/get_consensus_work.sh

参数设置:

#第一个参数:vcf文件
#第二个参数:fa文件
#第三个参数:gene文件,包含chr start end gene_name四列
#第四个参数:需要提取的样本名
#第五个参数:输出路径

结果展示

每个样本每个基因的fa

Scaffold00452:35365-41699

AAAAAACTGAGGTTGGTGACTGTGTTCACCAGCAACATCAAAGCACTCTCTCTCTCTCTC TCTCGTCTCTTGCTCAGCTTCTACCCAGTTCTCTCTCTGCATACAAACATATTAATTATC ATCATTCATTTCAAATTTTCAATTCACGCAATTGGATTTGAAATCTGAAATGATGCAGAG

样本一致性序列.txt · 最后更改: 2023/10/09 03:21 由 wanghongyu