DNA和RNA数据联合分析

DNA和RNA数据联合分析

1. 配置文件：

RNA差异基因列表；
DNA四部过库合并注释结果；
DNA的share注释结果；

示例脚本：

python DNA_RNA_Ass.py --pwd /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.DISEASE/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230214 --dnafile /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.Diease/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230130/Advance/run_disease.job/Share/snp.indel.filter.ShareGene.PatientShare.NotInNormal.xls --filterDB /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.Diease/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230130/Advance/run_disease.job/Merged_vcf/Filter/snp.indel.merged.freq.func.syn.deleterious.xls --compare Distal_vs_Perineal --mRNA_project_dir /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.DISEASE/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230214/X101SC22084253-Z01-J007 --type mRNA --value q

运行脚本：

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.DISEASE/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230214/DNA_RNA_Ass.sh
sh刷脚本；

然后运行Ass_Distal_vs_Perineal.sh

表格结果； 按照要求绘制图片；

示例路径： /TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/04.DISEASE/WES.X101SC22084253-Z01-J007.lianhefenxi_wes.20230214