癌症的免疫基因组分析-新抗原预测分析

对癌症样本进行新抗原预测

1. 配置文件：

config（需要带着表头，且不可写错）：

SNV：
#SampleID	Normal_Bam	Maf_snv
LcaWzm_2	/TJPROJ11/GB_HUMAN/PJ_AI/cancer/WES/2002_new/X101SC2209/X101SC22093380-Z01/X101SC22093380-Z01-J001/Mapping/LcaWzm_1/LcaWzm_1.final.bam	/TJPROJ11/GB_HUMAN/PJ_AI/cancer/WES/2002_new/X101SC2209/X101SC22093380-Z01/X101SC22093380-Z01-J001/Somatic/LcaWzm_2/muTect/LcaWzm_2.muTect.somatic.snv.maf

INDEL：
#SampleID	Normal_Bam	Maf_indel
LcaWzm_2	/TJPROJ11/GB_HUMAN/PJ_AI/cancer/WES/2002_new/X101SC2209/X101SC22093380-Z01/X101SC22093380-Z01-J001/Mapping/LcaWzm_1/LcaWzm_1.final.bam	/TJPROJ11/GB_HUMAN/PJ_AI/cancer/WES/2002_new/X101SC2209/X101SC22093380-Z01/X101SC22093380-Z01-J001/Somatic/LcaWzm_2/Strelka/LcaWzm_2.Strelka.somatic.indel.maf


示例脚本：

SNV：
python /PUBLIC/software/Cancer/baiyingnan/01.Neoantigens/V2/HIM_v1.1.py \
	--infile snv.config \
	--analydir `pwd` \
	--hlatype 1,2 \
        --analy_array 1,2,4 \
        --newjob snv_new.job \

INDEL:
python /PUBLIC/software/Cancer/baiyingnan/01.Neoantigens/V2/HIM_v1.1.py \
	--infile indel.config \
	--analydir `pwd` \
	--hlatype 1,2 \
        --analy_array 2,4 \
        --newjob indel.job

运行脚本：

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22093380-Z01-J001.immune.20221102/HLA/snv.sh
/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22093380-Z01-J001.immune.20221102/HLA/indel.sh
sh 刷脚本；
sjm先投递snv，再运行indel；

HLA分型结果； NEO新抗原检测结果；

示例路径： /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22093380-Z01-J001.immune.20221102/HLA/Res-HLA