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突变特征分解

简介

目前流程将所有样本放在一起进行突变特征分析

功能

此分析可以将特征分解到每一个个体

数据准备

maf文件Somatic_mutation_typeSplit.maf

#!/bin/bash
export LD_LIBRARY_PATH=/PUBLIC/software/HUMAN/R-3.3.1/lib64/R/lib/:$LD_LIBRARY_PATH
export PATH=/PUBLIC/software/HUMAN/R-3.3.1/bin/:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/PUBLIC/software/public/System/R-3.2.1/lib64/R/library:$LD_LIBRARY_PATH

python ./runDecontructSigs.py  \
	-m 。/Somatic_mutation_typeSplit.maf \
	-r b37 \
	-d cosmic \
	-o ./01.result \



示例脚本:
<code>
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Users/hongxiang/Afs_pipeline/module_test/04.DeconstrutSig/test_DeconstrutSig.sh
突变特征分解.txt · 最后更改: 2024/03/25 09:52 由 hongxiang