线粒体分析

对疾病样本进行线粒体分析 （癌症线粒体流程跑不通，最好交付疾病线粒体流程结果）

1. 处理数据：

将WGS数据与线粒体序列比对得到bam，然后bam转fq备用；


**2. 配置文件：**


sample_list:
#Ori_Lane	PatientID	SampleID	LibID	NovoID	Index	Path
1	gjia02	gjia02	gjia02	gjia02	111	/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22032674-Z01-J001.MT.20220424/rawdata

sample_info
#B34
#disease:""
#Familyid	Sampleid	Novoid	Sex	Normal/Patient	PN	Disease
gjia02	gjia02	gjia02	U	P	

run.sh
python /ifs/TJPROJ3/DISEASE/share/Disease_pipeline/Human_MT_pipeline/pipeline/Human_reseq_pipeline.MT.py \
 --pn pn.txt \
 --samp_info sample_info_B34 \
 --samp_list sample_list_B34 \
 --seqstrag TS \
 --TR /TJNAS01/CANCER/RD/TEST/songzhirui/2.Pipline/mt/mt2018.03.22/mt/MT.bed \
 --WES_xten Y \
 --qcpre B1S61 \
 --mail hanyue@novogene.com \
 --analy_array 1,2.1,3.1,3.4,6.1,6.2,6.5,7.3 \
 --newjob test.job

运行脚本：

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22032674-Z01-J001.MT.20220424/run.MT.sh
sh 刷脚本；
sjm 投递；

结果文件压缩包： /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22032674-Z01-J001.MT.20220424/Result/test.job/Result_X101SC22032674-Z01-J001_B1S61_20220427.zip

示例路径： /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/06.gaoji/WES.X101SC22032674-Z01-J001.MT.20220424/