ARG-OAP分析流程，我们一直使用默认参数进行分析。脚本中有一个参数选项是选择opt_c “S”通过Copywriter数据库的拷贝数校正方法，将16S信息转化为细胞数，或是选择opt_c “U”使用30个prokyarto平均覆盖的通用单拷贝标记基因去估计细胞数(默认使用“U”选项)，但是S选项流程不能测通，该部分流程脚本没写完。

在主脚本补充了opt_c选项为“S”的分析流程。

1. reads文件：

分析所使用文件为meta分析流程中 01.DataClean/Dataclean.total.list

2. 样本分组文件：

命名为meta-data.txt，共4列，分别为样本序号，样本名，分组名，测序长度（一般为350），中间以制表符分隔，示例如下:

SampleID Name Category LibrarySize
1 CHNCK1 A 350

示例脚本：

perl /TJPROJ5/META_ASS/script/yuxi/individuation/ARGs-OAP/ARGs_OAP-fix/bin/argoap-cjw.pl --input Dataclean.total.list --outdir ./ --meta_dalist meta-data.txt --shdir ./Shell --notrun --opt_c S