BactDating的目标是对细菌系统发生树节点进行贝叶斯分析。通常需要同时进行分子钟速率和共祖速率的贝叶斯估计。其他特点包括根位置的推断、缺失采样日期和不同的进化模型分析。
library(BactDating) tree=simcoaltree(1990:2010) plot(tree) ape::axisPhylo(backward=F) obsphy=simobsphy(tree) r=roottotip(obsphy,1990:2010) res=bactdate(obsphy,1990:2010) plot(res,'treeCI')