dQTG.seq分析

dQTG.seq包含dQTG.seq1、dQTG.seq2、smoothLOD、G'、Δsnp index、ED六种计算方法。

其中dQTG-seq1方法利用F2群体极端池标记等位基因数目来预测其基因型数目，通过观测的标记等位基因数目和预测的标记基因型数目构建了新统计量Gw，能显著提高基因检测功效。

其中dQTG-seq2方法可以处理基因效应较小或显性比太大的情况，对保留的每个极端表型个体DNA或RNA样品进行深度测序，利用观测的标记等位基因和基因型数目来检测小效应和极端超显性基因。

1. 处理数据：

生成csv输入文件：


/TJPROJ10/JK/hanyue/02.PAG/BSA.X101SC22115227-Z01.dQTG.seq.20230309/BSA.csv

说明文档：
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/miniconda/envs/test1/lib/R/library/dQTG.seq


运行脚本：
<code>
/TJNAS01/AFS_RESEQ/Proj/hanyue/miniconda/envs/test1/bin/Rscript cmd.R

图片及2个表格：

/TJPROJ10/JK/hanyue/02.PAG/BSA.X101SC22115227-Z01.dQTG.seq.20230309/X101SC22115227-Z01.result.20230320

示例路径：

/TJPROJ10/JK/hanyue/02.PAG/BSA.X101SC22115227-Z01.dQTG.seq.20230309