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chip与转录组关联分析

ChIP-seq 与 RNA-seq关联分析

计划

流程框架

数据准备

1、需要数据:转录组结果文件、ChIP结果文件、ChIP bam文件、ChIP bw文件;参考基因组一致,组名一致,比较组合一致

RNA-seq数据

RNA-seq项目结果文件的 3.Differential/1.deglist 文件夹里面的文件

├── all_compare.xls           每个基因在所有比较组合的差异显著性分析列表
├── rowmeans_fpkm.xls         每个基因在每个组中的fpkm,这个表格需要手动准备(从all_compare.xls里面提取,有生物学重复的话,需要取均值)。
├── T1vsWT
│   ├── T1vsWT_deg_all.xls    每个比较组合差异显著性基因列表
│   ├── T1vsWT_deg_down.xls   每个比较组合差异显著性下调基因列表
│   ├── T1vsWT_deg_up.xls     每个比较组合差异显著性上调基因列表
│   └── T1vsWT_deg.xls        每个比较组合的差异分析列表
└── T2vsWT
    ├── T2vsWT_deg_all.xls
    ├── T2vsWT_deg_down.xls
    ├── T2vsWT_deg_up.xls
    └── T2vsWT_deg.xls

ChIP-seq数据

./Results-X101SC19100017-Z01-J001-B1-36
└── Compare
    ├── T1_vs_WT
    │   ├── T1_vs_WT_down_peak_related_genes.txt
    │   ├── T1_vs_WT_peak_compare_table.tsv
    │   └── T1_vs_WT_up_peak_related_genes.txt
    └── T2_vs_WT
        ├── T2_vs_WT_down_peak_related_genes.txt
        ├── T2_vs_WT_peak_compare_table.tsv
        └── T2_vs_WT_up_peak_related_genes.txt
./release/X101SC19100017-Z01-J001-B1-36/
├── BAM
│   ├── T1_IN.bam
│   ├── T1_IN.bam.bai
│   ├── T1_IP.bam
│   ├── T1_IP.bam.bai
│   ├── T2_IN.bam
│   ├── T2_IN.bam.bai 
│   ├── T2_IP.bam
│   ├── T2_IP.bam.bai
│   ├── WT_IN.bam
│   ├── WT_IN.bam.bai
│   ├── WT_IP.bam
│   └── WT_IP.bam.bai
└── bigWig
    ├── T1_IN.bw
    ├── T1_IP.bw
    ├── T2_IN.bw
    ├── T2_IP.bw
    ├── WT_IN.bw
    └── WT_IP.bw        
  

run.sh

perl /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/yangdan/pp/chip_rna/ChIP_Ref_Asso/pipeline/ChIP_mRNA_Association_v1.0.pl \
  -project X101SC20202020-Z01-J001,诺禾致源ChIP-seq与RNA-seq关联分析,X101SC20202020-Z01-J001-B1-36 \
  -ChIP_release /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/ChIP_release/release/X101SC19100017-Z01-J001-B1-36 \
  -ChIP_result /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/ChIP_release/release/Results-X101SC19100017-Z01-J001-B1-36 \
  -TR_result /TJPROJ1/RNA/personal_dir/liuling/ceshi/AssoAnalysis/test4/TR_result \
  -experiment_design  WT_IP:WT_IN,T1_IP:T1_IN,T2_IP:T2_IN \
  -experiment_name WT,T1,T2 \
  -group_design WT,T1,T2 \
  -group_name WT,T1,T2\
  -compare_design  T1:WT,T2:WT \
  -ref  /TJPROJ1/RNA/reference_data/Animal/Mus_musculus/Ensemble_GRCm38.94/IP \
  -kegg_species mmu

执行过程

1、sh run.sh

2、sjm sjm_Analysis.sh

结果文件

Result-X101SC20202020-Z01-J001-B1-36
├── 1.Whole_level
│   ├── 1.1.sig_bean
│   │   ├── 1.1.sig_bean.README.txt
│   │   ├── T1_vs_WT
│   │   │   ├── combine_RPM_Ref.xls
│   │   │   ├── T1_vs_WT.normCount_bean_both.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.normCount_bean_both.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.normCount_bean.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.normCount_bean.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean_both.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean_both.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean.pdf
│   │   │   └── T1_vs_WT.rpm_bean.png
│   │   └── T2_vs_WT
│   │       ├── combine_RPM_Ref.xls
│   │       ├── T2_vs_WT.normCount_bean_both.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.normCount_bean_both.png
│   │       ├── T2_vs_WT.normCount_bean.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.normCount_bean.png
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean_both.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean_both.png
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean.pdf
│   │       └── T2_vs_WT.rpm_bean.png
│   ├── 1.2.Sig_Line
│   │   ├── 1.2.Sig_Line.README.txt
│   │   ├── T1
│   │   │   ├── T1.scale_Profile.xls
│   │   │   ├── T1.Sig_Line.pdf
│   │   │   └── T1.Sig_Line.png
│   │   ├── T2
│   │   │   ├── T2.scale_Profile.xls
│   │   │   ├── T2.Sig_Line.pdf
│   │   │   └── T2.Sig_Line.png
│   │   └── WT
│   │       ├── WT.scale_Profile.xls
│   │       ├── WT.Sig_Line.pdf
│   │       └── WT.Sig_Line.png
│   └── 1.3.deepTools_Heatmap
│       ├── 1.3.deepTools_Heatmap.README.txt
│       ├── allgroup_body.heatmap.pdf
│       ├── allgroup_body.heatmap.png
│       ├── allgroup_body.matrix.mat.gz
│       ├── allgroup_TSS.heatmap.pdf
│       ├── allgroup_TSS.heatmap.png
│       └── allgroup_TSS.matrix.mat.gz
├── 2.Diff_RNA
│   ├── 2.1.Diff_bean
│   │   ├── 2.1.Diff_bean.README.txt
│   │   ├── T1_vs_WT
│   │   │   ├── T1_vs_WT.diff_beanplot.data.xls
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all_both.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all_both.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_bean.all.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_box.all.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_box.all.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.down.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.down.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.none.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.none.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.up.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.fpkm_rpm.up.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all_both.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all_both.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_bean.all.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.rpm_box.all.pdf
│   │   │   └── T1_vs_WT.rpm_box.all.png
│   │   └── T2_vs_WT
│   │       ├── T2_vs_WT.diff_beanplot.data.xls
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all_both.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all_both.png
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_bean.all.png
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_box.all.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_box.all.png
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.down.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.down.png
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.none.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.none.png
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.up.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.fpkm_rpm.up.png
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all_both.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all_both.png
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_bean.all.png
│   │       ├── T2_vs_WT.rpm_box.all.pdf
│   │       └── T2_vs_WT.rpm_box.all.png
│   ├── 2.2.Diff_heatmap
│   │   ├── 2.2.Diff_heatmap.README.txt
│   │   ├── T1_vs_WT
│   │   │   ├── T1_vs_WT.diff_heatmap.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.diff_heatmap.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT_IP_RPM.xls
│   │   │   └── T1_vs_WT_RNA_FPKM.xls
│   │   └── T2_vs_WT
│   │       ├── T2_vs_WT.diff_heatmap.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.diff_heatmap.png
│   │       ├── T2_vs_WT_IP_RPM.xls
│   │       └── T2_vs_WT_RNA_FPKM.xls
│   └── 2.3.Diff_CDF
│       ├── 2.3.Diff_CDF.README.txt
│       ├── T1_vs_WT
│       │   ├── T1_vs_WT.diff_cdf.data.xls
│       │   ├── T1_vs_WT.diff_cdf.pdf
│       │   └── T1_vs_WT.diff_cdf.png
│       └── T2_vs_WT
│           ├── T2_vs_WT.diff_cdf.data.xls
│           ├── T2_vs_WT.diff_cdf.pdf
│           └── T2_vs_WT.diff_cdf.png
├── 3.Diff_ChIP
│   ├── 3.1.Diffchip_heatmap
│   │   ├── 3.1.Diffchip_heatmap.README.txt
│   │   ├── T1_vs_WT
│   │   │   ├── T1_vs_WT.heatmap_fpkm.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.heatmap_fpkm.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.heatmap.pdf
│   │   │   ├── T1_vs_WT.heatmap.png
│   │   │   ├── T1_vs_WT.heatmap_rpm.pdf
│   │   │   └── T1_vs_WT.heatmap_rpm.png
│   │   └── T2_vs_WT
│   │       ├── T2_vs_WT.heatmap_fpkm.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.heatmap_fpkm.png
│   │       ├── T2_vs_WT.heatmap.pdf
│   │       ├── T2_vs_WT.heatmap.png
│   │       ├── T2_vs_WT.heatmap_rpm.pdf
│   │       └── T2_vs_WT.heatmap_rpm.png
│   ├── 3.2.Diffchip_CDF
│   │   ├── 3.2.Diffchip_CDF.README.txt
│   │   ├── T1_vs_WT
│   │   │   ├── T1_vs_WT.diffpeak_cdf.pdf
│   │   │   └── T1_vs_WT.diffpeak_cdf.png
│   │   └── T2_vs_WT
│   │       ├── T2_vs_WT.diffpeak_cdf.pdf
│   │       └── T2_vs_WT.diffpeak_cdf.png
│   ├── 3.Diff_ChIP.README.txt
│   ├── T1_vs_WT.diffpeak_fpkm.data.xls
│   └── T2_vs_WT.diffpeak_fpkm.data.xls
└── 4.Diff_all
    ├── 4.1.Diff_Point_Venn
    │   ├── 4.1.Diff_Point_Venn.README.txt
    │   ├── T1_vs_WT
    │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.data.xls
    │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.data.xls
    │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.data.xls
    │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.data.xls
    │   │   ├── T1_vs_WT.diff_all.data.xls
    │   │   ├── T1_vs_WT.diff_point.pdf
    │   │   ├── T1_vs_WT.diff_point.png
    │   │   ├── T1_vs_WT.diff_venn.pdf
    │   │   ├── T1_vs_WT.diff_venn.png
    │   │   └── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.data.xls
    │   └── T2_vs_WT
    │       ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.data.xls
    │       ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.data.xls
    │       ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.data.xls
    │       ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.data.xls
    │       ├── T2_vs_WT.diff_all.data.xls
    │       ├── T2_vs_WT.diff_point.pdf
    │       ├── T2_vs_WT.diff_point.png
    │       ├── T2_vs_WT.diff_venn.pdf
    │       ├── T2_vs_WT.diff_venn.png
    │       └── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.data.xls
    ├── 4.2.Diff_GO
    │   ├── 4.2.Diff_GO.README.txt
    │   ├── T1_vs_WT
    │   │   ├── ChIP_down_RNA_down
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
    │   │   │   └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
    │   │   ├── ChIP_down_RNA_up
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.png
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.png
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.png
    │   │   │   └── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
    │   │   ├── ChIP_up_RNA_down
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
    │   │   │   └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
    │   │   ├── ChIP_up_RNA_up
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │   │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
    │   │   │   └── T1_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
    │   │   └── overlap_diffgenes
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.png
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.png
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.png
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
    │   │       ├── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.png
    │   │       └── T1_vs_WT.overlap_diffgenes.GO_enrichment_result.xls
    │   └── T2_vs_WT
    │       ├── ChIP_down_RNA_down
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.Enriched_GO_bp_DAG.png
    │       │   └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
    │       ├── ChIP_down_RNA_up
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_bp_DAG.png
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_cc_DAG.png
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.Enriched_GO_mf_DAG.png
    │       │   └── T2_vs_WT.ChIP_down_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
    │       ├── ChIP_up_RNA_down
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.Enriched_GO.bar_graph.png
    │       │   └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_down.GO_enrichment_result.xls
    │       ├── ChIP_up_RNA_up
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │       │   ├── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.Enriched_GO.bar_graph.png
    │       │   └── T2_vs_WT.ChIP_up_RNA_up.GO_enrichment_result.xls
    │       └── overlap_diffgenes
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.pdf
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO.bar_graph.png
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.pdf
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_bp_DAG.png
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.pdf
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_cc_DAG.png
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.pdf
    │           ├── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.Enriched_GO_mf_DAG.png
    │           └── T2_vs_WT.overlap_diffgenes.GO_enrichment_result.xls
    └── 4.3.Diff_KEGG
        ├── 4.3.Diff_KEGG.README.txt
        ├── T1_vs_WT
        │   ├── ChIP_down_RNA_down
        │   │   ├── add.T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.identify.xls_rendered_html_detail.html
        │   │   ├── src
        │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.pdf
        │   │   ├── T1_vs_WT.ChIP_down_RNA_down.enriched_KEGG_pathway_scatterplot.png
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chip与转录组关联分析.txt · 最后更改: 2023/03/21 03:30 由 fengjie