定义：Dxy 是衡量两个种群间的遗传差异的绝对值。它表示的是两个种群中随机选取两个基因拷贝，它们在对应位点上的差异概率。

计算：Dxy 是通过计算两个种群在每个位点的基因型差异来得出的，通常使用以下公式：

其中：

( p_1(i) ) 和 ( p_2(i) ) 分别是两个种群在位点 ( i ) 上的等位基因频率。 ( L ) 是位点的总数。

本wiki使用vcf文件，使用python脚本计算两个群体之间每个位点和总的平均dxy指数。

计算dxy指数

多个样本群call或者单call后合并的vcf文件；样本的群体分组（每个群体样本越多越好）。

1 示例路径

/TJPROJ10/JK/liuqifei/test/dxy-index/X101SC24062493-Z01-J001

2 分析脚本 本分析以合并后的vcf文件为例进行计算。

#1.输出每个位点的等位基因频率
for i in HK JN N32 S5A;do 
vcftools --gzvcf snp_merged.vcf.gz --keep ${i}_sample --freq --out result/${i}
done

#2.使用脚本计算dxy指数
export PYTHONPATH=''
while IFS=$'\t' read -r i j ;do 
/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/liuqifei/miniconda3/bin/python dxy2.py result/${i}.frq result/${j}.frq ${i}_${j}.xls
done < group.txt

计算等位基因频率时，–keep所传入的样本为合并后的vcf文件中的样本名，按照自己所需的分组计算即可。 dxy2.py脚本第一个参数是第一个群体的等位基因频率结果，第二个参数是第二个群体的等位基因频率结果，第三个参数是输出文件的结果，输出文件会添加数字前缀，数字前缀是两个群体的平均dxy值。

0.498_HK_JN.xls（0.498是HK群体和JN群体之间的平均Dxy值）