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平均测序深度计算方法是计算测序数据量和基因组大小的比值。而GC-depth中的深度计算，首先使用了soap.coverage软件计算出每条序列中所有碱基的深度值，然后建立了滑动窗口，计算了每个滑窗内碱基的平均深度，二者深度计算方式不同。