16S rRNA基因是现有细菌分类系统的基石。这个仅以单基因核酸差异构建的细菌生命之树并非尽善尽美。Nature Biotechnology上面的一篇报道，将单基因分类系统扩展到120个细菌共有单拷贝蛋白质，在大量氨基酸水平差异的基础上构建新的分类系统，命名为基因组分类数据库GTDB (Genome Taxonomy Database)，大幅修正了现有的细菌生命之树。

• 这一分类系统以细菌中普遍存在的120个单拷贝蛋白质（bac120）为基础；
• 在对多分组类别消歧后，根据相对演化散度标准化和分级，得到基因组分类数据库（GTDB）；
• 涵盖了94759个细菌基因组（截止2024/01/29，更新至402709个基因组），在属、种分辨率水平上描述了99个门（截止2024/01/29，更新至181个门），其中不可培养细菌占14.4%；
• 58%在NCBI分类系统中已收录基因组的分类地位有变动，例如新系统中变形菌门重新划为6个不重叠的新类群；
• 一些难以确定分类地位的物种（如不可培养微生物）也被系统的整合了进来。

测试路径：/TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/GTDB-tk/test

Result-X101SC23063510-Z01-F001/
├── 01.identify    鉴定标记基因
│   ├── gtdbtk.ar53.markers_summary.tsv      古菌标记基因  
│   └── gtdbtk.bac120.markers_summary.tsv    细菌标记基因
├── 02.align
│   ├── gtdbtk.bac120.msa.fasta.gz           细菌标记基因提取的fa序列
│   └── gtdbtk.bac120.user_msa.fasta.gz      细菌标记基因提取的fa序列对齐结果
├── 03.classify
│   └── gtdbtk.bac120.summary.tsv            细菌注释结果
├── 04.infer
│   ├── gtdbtk.rooted.tree                   有根树
│   └── gtdbtk.unrooted.tree                 无根树
└── 05.decorate
    ├── gtdbtk.decorate_iTOL.root.tree       可导入iTOL的有根树
    ├── gtdbtk.decorate_iTOL.unroot.tree     可导入iTOL的无根树
    ├── gtdbtk.decorate.root.tree            使用物种信息装饰后的有根树
    └── gtdbtk.decorate.unroot.tree          使用物种信息装饰后的无根树