hallmark_gsea分析

hallmark数据库富集

老师要求对hallmark数据库进行gsea分析。

优化部分

1.整合hallmark数据库和gsea富集。

脚本

/TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/wanghongyu/script/hallmark/hallmark.py

脚本使用

python /TJPROJ6/RNA_SH/personal_dir/wanghongyu/script/hallmark/hallmark.py \        
       -P cpname \                                                                
       -C condition.xls  \                                                                    
       -R deg.xls \      
       -T type \        
       -O out_dir         
type可填（human,c1,c2,c3,c4,c5,c6,c7,c8,mouse,m1,m2,m3,m5,m8）

hallmark_gsea分析.txt · 最后更改: 2024/01/12 07:12 由 wanghongyu