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HUMANn3流程升级
一、简介
HUMAnN3是一款快速获得宏基因组、宏转录组物种和功能组成的软件，采用分层式(tiered)检索策略，可以在环境和宿主相关群体中快速、准确获得种水平的功能组成，结果同时获得功能通路中具体物种组成，建立起了物种与功能的联系，可进一步研究功能组成。
二、升级关键点
1. 软件及依赖项升级
HUMAnN2 ⇒HUMAnN3
MetaPhlAn (2.6.0) ⇒ MetaPhlAn (4.0.1)
Bowtie2 (2.2.4)⇒ Bowtie2 (2.4.5)
Diamond (0.8.22.84) ⇒ Diamond (2.0.15.153)
2. 数据库升级
ChocoPhlAn （7673 ⇒ 12773）
uniref50 ( 4.6G ⇒ 12G )
misc (总量 668M ⇒ 2.9G )
MetaPhlAn数据库及bowtie2索引 (总量 1.8G ⇒ 35G )
3. 分析主脚本升级
humann2_pipeline.v2.1.pl =⇒ humann3_pipeline_v1.0.pl
三、文件配置
样本ID和分组信息：group.list
W.B1 W.B W.B2 W.B W.B3 W.B W.J1 W.J W.J2 W.J W.J3 W.J
样本ID及路径信息：Dataclean.total.list
W.B1 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B1/W.B1_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B1/W.B1_350.nohost.fq2.gz W.B2 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B2/W.B2_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B2/W.B2_350.nohost.fq2.gz W.B3 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B3/W.B3_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.B3/W.B3_350.nohost.fq2.gz W.J1 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J1/W.J1_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J1/W.J1_350.nohost.fq2.gz W.J2 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J2/W.J2_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J2/W.J2_350.nohost.fq2.gz W.J3 /TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J3/W.J3_350.nohost.fq1.gz,/TJPROJ5/META_ASS/meta/yaolijie/X101SC19114085-Z02/X101SC19114085-Z02-F001/HostClean/W.J3/W.J3_350.nohost.fq2.gz
运行脚本
perl /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn3/bin/humann3_pipeline_v1.0.pl \ --input /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn2/example/Dataclean.total.list \ --outdir output \ --pathdb kegg-metacyc \ --step 123 \ --func go-ko-eggnog-pfam-level4ec \ --group /TJPROJ1/META_ASS/script_Advanced_analysis/HUMANn2/example/group.list \ --notrun
四、流程简介
step0.merge_reads.sh
合并双端数据 占用资源：1G 占用时间：30min
step1.1.run_humann.sh
调用humann3进行分析 占用资源：50G 5线程 占用时间：65 h
脚本关键内容： 加载humann3环境，单独加载bowtie2
调用Humann3，生成genefamily文件
调用kegg-pathway数据库
调用kegg-module数据库
均一化
输出文件结果说明：https://github.com/biobakery/humann/#1-gene-families-file
临时文件：每个样本（5G）生成约120G的临时文件
step1.2.merge_humann.sh
调用humann_join_tables将所有样本的注释信息及丰度连接起来 占用资源：2G 占用时间：10 min
step2.1.function_abundance.sh
计算每个样本的5种功能丰度并均一化 占用资源：2G 占用时间：10min
step2.2.merge_abundance.sh
将每个样本的5中功能丰度连接起来，并添加功能名称注释 占用资源：2G 占用时间：5min
step3.compare.sh
合并group.list，进行差异检验及其它统计分析，并进行可视化 占用资源：2G 占用时间：15min 脚本主要思路： 输入文件：metacyc , kegg_pathway , kegg_module, ko, go, eggnog, pfam, level4ec 7个样本相对丰度文件 输入文件：group.list 调用函数：humann_barplot 统计计算：丰度柱状图、PCA、威尔克斯非参数检验、top10 柱状图、simper、分组top10 柱状图、分组 simper、T检验
step4.getresult.sh
抓取结果 占用资源：0.5G 占用时间：10 min
