IQ-TREE 2 是一个快速且高效的最大似然（Maximum Likelihood, ML）法构建进化树的软件。它支持多种进化模型，并提供丰富的工具用于进化树的评估和可视化。

最大似然（Maximum Likelihood, ML）法构建进化树的软件。。

群call的vcf

1 示例路径

/TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/IQtree

2 分析脚本

第一步：vcf转phy
/ifs/TJPROJ3/DISEASE/share/Software/bin/python3 /TJPROJ6/AFS_RESEQ/Proj/hongxiang/05.AFS/IQtree/vcf2phylip-master/vcf2phylip.py -i Lycium_barbarum.snp.vcf.gz
第二步：构树
iqtree/iqtree-2.1.2-Linux/bin/iqtree2 -s output.phy
第三步：可使用其它工具美化

如下树文件
(0:0.2319230992,(((((((((((1:0.1251160069,(LC31_2:0.1685375974,LC31_1:0.1729794809):0.05159890492):0.05042037751,((((8:0.1292427348,LC15_2:0.1377675133):0.04360438837,LC15_1:0.0447699935):0.05033753117,((((((17:0.1641578590,59:0.1660982219):0.05312744647,55:0.1184450941):0.04777919314,(43:0.1420033020,45:0.1437569441):0.05394069457):0.04208011178,((27:0.1335387840,LT1_1:0.1380743951):0.04315431696,56:0.0803659032):0.05301586538):0.03679090213,((((21:0.1487519233,30:0.1309848022):0.02562850632,(42:0.1384332595,LAS3_3:0.1500848273):0.02809081243):0.02858715911,(35:0.1426518667,63:0.1283066031):0.02985572607):0.03792074874,LAS:0.0497689193):0.03796495971):0.03726567086,((71:0.1186858652,LC4_1:0.1125931322):0.03548308867,LC4_2:0.0883319192):0.05935061038):0.03228819845):0.03511764314,(41:0.1071469468,(53:0.1509853258,LT2_2:0.1473714576):0.04632736085):0.07760568986):0.03511157994):0.06483040695,((5:0.1682250124,25:0.1562053164):0.05410287253,62:0.1172962391):0.08151303309):0.08214995271,(LC23_1:0.1983325219,LC23_2:0.2046075115):0.05916764389):0.07665487682,LC23_3:0.2046137583):0.09497029852,(((((((((((((3:0.1697936040,LP_1:0.1264717818):0.0310839851,((82:0.1386905297,LP_3:0.1316130316):0.02460076064,(QHNQ5_1:0.1639058553,LC32_3:0.1344344291):0.02667183105):0.02673143186):0.0293476052,(((46:0.0899797933,69:0.1288880860):0.01352817799,(QHNQ7_1:0.1367685748,QHNQ7_2:0.1199968480):0.02086161023):0.0319612635,QHNQ1_1:0.0205878480):0.03101783902):0.02961733825,31:0.0870687776):0.02145971394,(20:0.1617201543,LC32_1:0.1325146463):0.03107045449):0.02638435933,((72:0.1057140273,(74:0.1084542533,PX0901:0.0891425531):0.04174355481):0.04823035414,LC32_2:0.1205873030):0.03809151641):0.02807138742,((((9:0.1320682232,34:0.1543734606):0.0386438659,79:0.1033950997):0.04346099944,(((28:0.1131401325,44:0.5679104167):0.06755790565,((52:0.0807341674,LC28_1:0.1115905854):0.04617233474,(LC29_3:0.1138361655,LC29_2:0.0989852891):0.04024488866):0.02773530738):0.02751287481,(48:0.1308132618,LC28_3:0.1202329518):0.02923526026):0.03515099207):0.05213195253,26:0.1180066345):0.02681488521):0.05592822569,((((((((((18:0.1118159494,73:0.1162812504):0.03972899862,((32:0.1222476411,LR1_3:0.1197912363):0.04158995176,((36:0.1205192780,78:0.1163469617):0.04053751623,LR3_2:0.0754035456):0.04956443967):0.03249622427):0.08585395466,64:0.0604960545):0.08416566039,39:0.0780347083):0.1357438492,((33:0.1840271200,LQSH_1:0.1849478518):0.06941469647,LQSH_2:0.1151459019):0.1186448373):0.1230096023,LBVA_3:0.1392480569):0.08648282375,37:0.1330603677):0.1012175005,75:0.0930244322):0.1036360708,NQP:0.1252080914):0.08326103704,GS_1:0.1338542933):0.137248427):0.1104019665,QHNQ1_2:0.1685082851):0.06811131799,((14:0.1474824445,LAS2_3:0.1522591305):0.05216960086,49:0.1050842162):0.1415043571):0.08986155262,(19:0.1188678532,58:0.1713017910):0.07783830541):0.05352525426,((13:0.1346622470,(70:0.2583644591,LC11_2:0.2034301483):0.0740700752):0.09715803236,((LC1_3:0.1467247945,LC1_2:0.1503854602):0.04786939271,LC1_1:0.1094631548):0.07089720118):0.06564341425):0.09024677817,NQY:0.2248912710):0.09707753952):0.07906250746,(((12:0.2012005886,80:0.1850866943):0.06604315041,LC27_3:0.1333242693):0.08955594069,(22:0.1577633452,(LC20_2:0.1881518699,LC20_1:0.2327047575):0.07158301481):0.07154552376):0.05333810379):0.03988967821,((((4:0.2267094950,LC9_1:0.2349528604):0.07283156947,40:0.1572460681):0.07604280662,((38:0.2093935854,LC26_2:0.2447265876):0.04737349678,(LC18_2:0.2030001573,LC18_1:0.2042265817):0.05028908024):0.0552332736):0.04926801474,((((((6:0.1850565083,LC8_3:0.1999248140):0.03782471787,(50:0.1901991188,LC8_2:0.1913516470):0.03723826794):0.04065706833,(57:0.1484974157,LC8_1:0.2045117350):0.0396096704):0.07012452566,(((7:0.1913842036,11:0.2074400843):0.04817432577,((16:0.2055473798,54:0.2041662389):0.06539534926,76:0.1409370825):0.05157696805):0.04388203294,((65:0.1841677465,67:0.1865839215):0.03633786328,(77:0.1832482794,LC21_1:0.1936330636):0.03712867146):0.04345174996):0.06713758519):0.03850190502,((((10:0.1690830857,LC16_2:0.1481224675):0.02928319094,(29:0.1658336711,LC16_3:0.1968637780):0.03707540419):0.03539208103,(23:0.1657636639,66:0.1611239641):0.03829895653):0.06702448132,((LC7_3:0.1791429993,LC7_2:0.1759042844):0.05723385411,LC7_1:0.1196625458):0.08441963997):0.03791312656):0.03170980733,(((68:0.1649359123,(LC17_3:0.2073605748,LC17_1:0.1954397718):0.08596793294):0.06288769471,(LC17_2:0.1863741123,LC26_1:0.1967774983):0.06454254444):0.05459444994,((LC14_3:0.1234107856,(LC14_1:0.2014034844,LC14_2:0.1838925530):0.06376982287):0.07961194933,(LC22_3:0.1682054816,(LC22_1:0.2144143073,LC22_2:0.2218998081):0.07456336636):0.07446171935):0.05188103594):0.0393512246):0.02592594653):0.031402814):0.03028481646,(((((2:0.1863640273,60:0.1938966552):0.06313132932,LC12_3:0.1177447999):0.06585613788,(47:0.1872299744,LC19_1:0.1658608985):0.06242319044):0.05342773858,((61:0.1794816449,LC2_3:0.1578323520):0.05246461068,LC2_1:0.0647515904):0.05954160268):0.03362834183,((15:0.1580796969,LCP_3:0.1892272784):0.05116191571,(81:0.1955729940,LCP_1:0.2164658207):0.04324984596):0.05121671423):0.04003050703):0.03356940742,((LC25_1:0.2229540039,LC25_2:0.2060732057):0.07362962872,LC25_3:0.1770181609):0.07567131376):0.07102907952,51:0.1651864398):0.09150073477,24:0.1370822764);