IS（Identity Score）是根据个体基因型差异计算两两个体间的序列一致性，进而体现群体间序列相似度的一种分析方法。分析过程中，首先根据群体基因型文件进行打分，将基因型文件转化成由0、1和0.5三种数值组成的矩阵（纯合且与ref相同为0，纯合且不同于ref为1，杂合的均为0.5），然后根据打分两两个体进行比较，计算IS值IS =1-（max-min）。IS值越小说明两个个体在该位点的差异越大。

根据个体基因型差异计算两两个体间的序列一致性，进而体现群体间序列相似度的一种分析方法。

单个样本的vcf文件 需要输入文件vcf，fai，sample

1 示例路径

/TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/IS/test

2 分析脚本

python /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/IS/IS.main.py \
	--input shaozi-dp5-miss0.2-maf0.01.vcf.gz \
	--type vcf \
	--sample /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/IS/test/sample \
	--fai  HV.15.fa.fai\
	--win 2000 \
	--step 1000 \
	--out /TJNAS01/AFS_RESEQ/Share/GWAS/IS/test

3 流程参数

     --input：必选参数，输入文件，vcf 或者 geno 文件。 
     --type：必选参数，输入文件类型，根据输入文件类型给定参数’geno’或者’vcf’。 
     --cfg：必选参数，流程所需脚本的配置文件。 
     --sample：必选参数，样品列表，单列，顺序需要与输入文件保持一致。 
     --fai：可选参数，fai 输完文件，用于滑窗口分析。 
     --win：可选参数，窗口大小，单位 bp。 
     --step：可选参数，滑窗口的步长大小，单位 bp。 
     --out：必选参数，输入结果路径。 

1.基因型打分文件 all.frq.score

2.两两个体 IS 值计算结果：在输出路径下生成一个新的路径 paired，里面为两两个体 IS 计算结果。A-B.paired.txt。

3.整体平均 IS 值矩阵